新企业所得税法实施条例第八十八条规定，企业从事规定的符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。由此存在的问题：一是大型企业将环境保护、节能节水项目的产品，作为生产产品的原材料，不对外销售，而是减少原材料外购量，那么其项目所得应如何衡量。二是在程序上，一般是先由管理部门认定项目，企业再进行投资改造，然后竣工并取得生产经营收入。但在实际工作中有许多企业是先进行投资改造并竣工取得生产经营收入，后到管理部门认定项目，前后跨年度，那么对享受优惠政策的时间认定，也成为需要明确的问题。
3、关于“开发新技术、新产品、新工艺”的认定和研发费用列支范围问题
新税法规定对于企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定实行100％扣除的基础上，再按照研究开发费用的50％加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150％摊销。新企业所得税法实施条例虽然明确了企业所得税研究开发费用加计扣除优惠限定于“开发新技术、新产品、新工艺”，但该项政策比之于原来的“技术开发费”，无论是概念、范围还是研发区域都发生了变化。这就存在以下几个问题：一是“开发新技术、新产品、新工艺”的认定，需要解决怎么认定、由谁认定的问题。二是“研究开发费用”项目内容应列支哪些具体费用。三是原来的关于技术开发费的相关规定如何适用。根据《财政部 国家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》（财税[2006]88号）的有关规定，对符合条件的企业，在一个纳税年度实际发生的技术开发费项目在按规定实行100%扣除的基础上，允许再按当年实际发生额的50%在企业所得税税前加计扣除。企业年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣的部分，可以在以后年度企业所得税应纳税所得额中结转抵扣，抵扣的期限最长不得超过5年。但新税法规定企业的上述研究开发费在计算应纳税所得额时可按照研究开发费的50％加计扣除，而对企业以前年度结转技术开发费未抵扣额如何过渡处理，新税法及相关政策尚无明确规定。
4、固定资产加计扣除政策的衔接问题
新税法中规定对企业的固定资产由于技术进步等原因需加速折旧的可以缩短折旧年限或者采取加速折旧的方法，这里存在着与原税法对固定资产折旧年限认定不一致的衔接问题。如，新税法规定运输工具、电子设备的最低折旧年限由5年分别缩短为4年和3年，那么此规定是否仅指2008年1月1日以后购买的设备？以前购买的设备需如何执行？另外，新税法第三十二条虽然规定了可以采取缩短折旧年限或者采取加速折旧方法的固定资产，但是此规定目前尚无法操作。对于“由于技术进步，产品更新换代较快的固定资产”，“常年处于强震动、高腐蚀状态的固定资产”也均未明确具体范围。
5、资源综合利用政策问题
新企业所得税法实施条例第九十九条规定：企业所得税法第三十三条所称减计收入，是指企业以《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的资源作为主要原材料，生产国家非限制和禁止并符合国家和行业相关标准的产品取得的收入，减按90%计入收入总额。问题在于企业资源综合利用所生产的产品，大多不对外销售，而是继续作为生产的原材料。如何合理确认相关收入、价格、产品的计量等，是制订优惠目录时所必须考虑的问题。
（四）核定征收企业及企业清算所得税征收管理中存在的问题
1、企业所得税核定征收企业适用税收优惠的问题
《企业所得税月（季）度预缴纳税申报表》的填报说明中规定：“对实行核定征收企业所得税的纳税人，可以依法享受过渡期的税收优惠、小型微利企业优惠、高新技术企业优惠及经税务机关审批或备案的其他减免税优惠”。但是，这一规定与《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知》（国税发[2008]30号）的相关规定不衔接，在实际工作中难以操作。
