（5）存在加盟店、挂靠单位等特殊分支机构的“监管真空”。在实际工作当中，有一些分支机构虽然是非法人分支机构，但往往只是挂靠总机构或者为取得总机构的某类行业资质，向总机构支付一定的管理费用，其经营管理是完全独立的。如果总机构在内部管理时并不把此类分支机构纳入，且按“三因素”分配税款时也不将此类分支机构纳入分配范围，此类分支机构将处于无人监管的状态。
2、跨省市总分机构汇总纳税执行中的征管问题
我国的企业所得税税收管理权和收入层次，以2002年1月1日起实施的所得税收入分享体制改革为界，分为前、后两种情况。改革前，国税系统征收中央各部门、各总公司、各行业协会、总会、社团组织、基金会所属企事业单位的所得税，金融保险企业所得税，军队所办的国有企业所得税；地税系统征收地方各级国有企业事业单位所得税，集体企业所得税，私营企业所得税。2002年改革后，2001年12月1日前国税、地税系统征收管理的企业所得税的原征管机关不作变动，自2002年1月1日起新登记设立的企业，企业所得税由国税系统征收；除少数特殊行业外，对其他企业所得税中央与地方按比例分成，中央保证各地区2001年地方实际的所得税收入基数，实施增量分成。而此次新税法实施后，对国税和地税的税源划分、中央和地方以及各地方之间企业所得税的实际分享收入，必然产生重大影响，由此带来的两套征管系统及地区之间利益博弈的问题不可避免，而跨省总分机构的所得税收入归属和征管权划分则是问题的焦点。
实行法人单位汇总纳税后，国、地税在原来的征管管辖权不易界定清楚的基础上，又增加了总机构与分支机构主管税务机关不一致的新问题，主要体现在：
（1）总机构主管税务机关对各分支机构情况的了解不一定全面，在这种情况下所做出的决定，难免与真实情况不符，进而引发总、分机构主管税务机关之间的矛盾，影响企业纳税征管的整体性。
（2）分支机构涉税事项、收入均由总机构税务机关决定，在收入任务、管理事项等相关的“责权利”不匹配的情况下，分支机构的主管税务机关失去管理的积极性。
（3）分支机构主管税务机关无法对收入做出预测。执行总分机构企业所得税分配及预算管理办法后，对分支机构预缴的所得税，取决于总机构，分支机构所在地主管税务机关对收入任务、税收负担、征管质量等都将无法考核，在目前各级税务机关都建立收入任务考核制度的情况下，其今后每年的收入计划数都将无法预测。
（4）税务机关对总分机构的情况难以全面了解，税务检查（稽查）的难度加大。由于总分机构大多是跨地域经营、分属不同税务机关管理，因此，总分机构的主管税务机关，都无法对其经营情况进行直接、全面、有效的检查（稽查）。而实行法人汇总纳税，客观上要求总分机构主管税务机关间加强信息沟通与共享，但由于国地税征管信息不在一个平台之上，目前很难做到。
（5）对总分机构情况缺乏事前监控。若总分机构不如实提供机构管理情况，可依照征管法关于“不如实提供税务资料”的有关规定予以处罚。但这仅是事后的一种补救和惩戒措施，事前并没有一个行之有效的办法加以监控。
此外，新所得税收入分配方式实施后，各级政府对总分支机构高度关注。新税法的实施激发了地方政府发展总部经济的热情，因此，地方政府会通过各种措施对辖区内的分支机构施加影响，以促其转变成法人单位。其后果是干预纳税人的正常经营活动，造成国地税部门的征收管辖权争议。
