1、不征税收入扣除问题
不同于原企业所得税法对于收入仅有一个收入总额的概念，新税法明确提出了应税收入、不征税收入、免税收入的概念。其中，不征税收入是指从性质和根源上不属于企业营利性活动带来的经济利益，从税收原理上应永久不列入征收范围，主要包括财政拨款和依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金。
但是新企业所得税法实施条例第二十八条规定：“企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除”。这一规定不区分支出性质，“不征税”的精神未真正体现。对企业而言，其取得的不征税收入，主要是指国家规定专门用途并经国务院批准的财政性资金，其实质是政府对企业的一种捐赠，这种不征税收入能在两个环节带来企业经济利益的流入：一是在取得不征税收入环节，企业无须付出对价，取得的过程即是经济利益的净流入；二是企业用这部分收入从事与生产经营相关的活动，带来经济利益的流入。如果纳税人将不征税收入用于与取得应税收入有关的支出，而不能按配比原则进行扣除，则必然造成对不征税收入事实上的征税。
2、具体执行中合理性原则的困惑
新税法第八条及其实施条例第二十七条在税前扣除中规定了“合理”这一标准。合理性原则的适用是国际上的一般做法，企业发生的与取得收入有关的、合理的支出可依法得到充分补偿。但合理性作为一个相对模糊的概念，在具体执行中由于理解角度和知识背景等差异很容易在征纳双方甚至在征收管理机关内部（包括国、地税之间）形成截然相反的意见，给新税法的实施带来阻碍。
《国家税务总局关于印发〈新企业所得税法精神宣传提纲〉的通知》（国税函[2008]159号）对于工资薪金的合理性给出界定，主要包括两方面：一是雇员实际提供了服务；二是报酬总额在数量上是合理的。实际操作中主要考虑雇员的职责、过去的报酬情况，以及雇员的业务量和复杂程度等相关因素。同时，还要考虑当地同行业职工平均工资水平。但是，一方面，并未对利用此项目避税的不合理扣除做出性质和适用税率的认定，对实际工作中可能出现的企业股东以工资名义分配利润或经营者不适当地为自己开支高工资等事项的界定和惩罚并不明确。可见，在合理性的评判标准上，需要进一步制订更具有可执行性的量化指标。另一方面，目前我国新税法仍未明确对职工数量的认定方法，对“在本企业任职或者受雇的员工”的界定并不明确。在实际操作中，对于使用劳务派遣企业提供的劳务人员，企业职工应如何界定？在实务中是否可理解为签订劳动合同和办理统筹？对兼职人员工资是否应视作劳务费支出？存在一系列需统一征管口径的问题。同时由于对职工数量的真实性难以确认，使以工薪总额14%为界的职工福利费支出扣除也同样失去了准确计量的可能性。
3、福利费扣除问题
新会计准则将职工福利费支出统一在职工薪酬中核算，会计上要求企业在首次执行新会计准则时将应付福利费转入“职工薪酬—福利费”，同时规定应付福利费结余，上市公司可以结余冲减当期管理费用，非上市公司继续按原有规定使用。而新企业所得税法实施条例却仍旧允许提取职工福利费，其和新会计准则的不相吻合使企业无所适从。
（三）税收优惠政策中存在的若干问题
1、企业所得税优惠目录迟迟未出台
新企业所得税法实施条例第八十七条、第九十九条、第一百条规定的企业所得税优惠目录，由财政部、国家税务总局及国务院有关部门制订，在此目录出台之前，企业难以认定是否享受税收优惠，应先照常纳税。目前，除高新技术企业认定标准外，其他各项税收优惠项目执行标准仍未推出。因此，企业将不能及时享受到税收优惠，这不利于国家重点扶持的公共基础设施项目和环境保护、节能节水、安全生产企业的发展。
