自2008年1月1日起，我国正式实施新的《企业所得税法》（以下简称“新税法”）并先后发布了实施条例及各项通知，对部分未明确事项进行了解释。新税法实施已有半年，其整体在减轻内资企业税收负担水平、促进地区间税收政策环境公平统一的积极意义得到普遍认可，但也存在着一些对新概念界定模糊、政策执行口径不明确等问题。及时考察分析新税法的实施情况、对已显露出的问题进行总结并制订有针对性的补充和精细化调整措施，实为必要。
一、新企业所得税法运行中存在的主要问题
（一）由纳税人范围调整引发的总分机构所得税汇总征收问题
鉴于国有企业、集体企业、私营企业等我国传统企业组织形式正越来越多地被股份有限公司、有限责任公司、合伙企业、个人独资企业等现代企业组织形式代替，原来使用的以同时具备在银行开设结算账户、独立建立账簿、编制财务会计报表、独立计算盈亏等条件为企业所得税纳税人的判定标准，有了进一步完善的条件和必要。新税法将以公司制和非公司制形式存在的企业和取得收入的组织，界定为企业所得税的纳税人，是适应经济主体变化形式的必然选择，体现了国际惯例和前瞻性。但是，我国现行的税收征管系统和企业经济组织形式还具有许多特殊性，全面而细致的“补缺查错”必不可少。现时跨省总分机构的所得税征管问题正是由此衍生的主要问题之一。
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）的规定，对于因新税法实施纳税人“法人判定标准”而不再单独缴纳企业所得税的分支机构，其汇总征管基本计算方法可归纳为：一是对属于中央与地方共享收入范围的跨省市总分机构企业，统一计算其总机构和分机构全部应缴纳的企业应税所得额、应纳税额。二是将统一计算后的应纳税额在企业总机构和二级分支机构按比例分摊后分别预缴。总机构按应纳税款的25%向所在地主管税务机关缴纳税款，年终汇总清算后的收入由中央和总机构所在地按60：40分享；按应纳税款的25%预缴至中央国库，汇总清算后的中央国库内所得税收入60%为中央收入，40%由财政部根据2004年至2006年各省市三年实际分享企业所得税占地方分享总额比例定期划转。各二级分支机构按以前年度（1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度）各自经营收入、职工工资、资产总额三因素（权重分别为：0.35、0.35、0.3）分摊剩余的50%应纳税额，并向二级分支机构所在地主管税务机关预缴税款，收入由中央和分支机构所在地按60：40分享。三是年度终了后，总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除已预缴税款，多退少补。此方法的执行将显著调整地区间所得税收入分配，对平衡地区间财力不均和加强分支机构所在地税收征收管理的积极性均具有一定的作用。但是，在实施的过程中，已表现出以下两方面的问题：
1、二级分支机构计税及征收管理中存在的问题
（1）仍未彻底解决分支机构利用自身税收优惠条件转移企业利润，降低企业整体税负水平的问题。我国实施法人企业所得税制改革的一个重要原因，在于用“法人条件”限制企业利用适用优惠税率的分公司来转移利润以减少整体税负的行为。《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第十六条的表述，对于总机构和分支机构处于不同税率地区的，由原来“分别计算应纳所得税额、应纳税额，分别按适用税率缴纳”修正为：“先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额”。这两种表述的本质区别就在于后者限制了分支机构利用自身在低税率地区转移处于高税区总机构利润、以降低企业整体税负达到避税目的的可能性。但是，这种表述及计税方法实际上仍未彻底摒除企业利用分支机构优惠税率避税的可能性。由于采用了以二级分支机构为单位计算应纳税额，而三级及以下分支机构的经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构的计税方法，所以那些二级分支机构处于税收优惠地区而其下属三级机构不应享受优惠税率的企业，其应纳税额将大幅减少。这种税收征管漏洞的存在会导致企业扭曲其自身组织结构，从而达到避税的目的。
（2）二级分支机构认定标准模糊。按有关规定，总机构应在6月20日前填交《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》给总机构所在地税务主管部门并下发各分支机构，那么对二级分支机构的判定标准就成为税企双方关注的焦点，现对于企业分支机构层级的判定，规定不十分明晰，没有统一标准和监管措施，这将加大企业避税的可能性。而新税法实施的第一年所确定的企业分支机构纳税体系，又将对以后年度信息的真实性产生重要的参考作用，那么，如何及时确定科学的判定标准及可执行的监管措施已成为当务之急。
（3）特殊行业实行分支机构按“三因素”就地预缴不尽合理。建筑、房地产等特殊行业，资产少、流动性强、周期短，很多注册为分支机构的单位，其实质是借用总机构的资质，向总机构缴纳管理费，总机构账面体现的是管理费收入，当地税务机关对其无法监控，总机构再按“三因素”进行分摊，显然不尽合理。
