企业对联营或合营企业的投资采用权益法核算时，长期股权投资的账面价值将随着被投资单位所有者权益的变动而变动，但税法在计算应纳税所得额或者在确定长期股权投资的计税基础时，除税法认定的初始投资成本外，通常不会考虑按照会计标准（会计标准是指国家统一的会计制度，包括企业会计准则—应用指南、企业会计准则讲解以及其他有关规定）规定的权益法下所计量的长期股权投资账面价值中涉及的对初始投资成本的调整、损益调整和其他权益变动等。因此，在权益法下，企业对联营或合营企业的投资在持有期间其账面价值与计税基础会产生差异，涉及所得税的问题主要包括以下几个方面：
一、初始投资成本及其调整所涉及的所得税
按照会计标准要求，企业取得的对联营或合营企业的长期股权投资，其初始投资成本分别情况确定：（1）以支付现金取得的长期股权投资，按照实际支付的购买价款作为初始投资成本（被投资单位已宣告尚未发放的现金股利除外）。初始投资成本包括与取得长期股权投资直接相关的费用、税金及其他必要支出。（2）以发行权益性证券取得的长期股权投资，按照发行权益性证券的公允价值作为初始投资成本。（3）投资者投入的长期股权投资，按照投资合同或协议约定的价值作为初始投资成本，但合同或协议约定价值不公允的除外。（4）通过非货币性资产交换取得的长期股权投资的初始投资成本，分别确定：如果该项交换具有商业实质，且公允价值能够可靠计量的，换入长期股权投资的初始投资成本，按照换出资产的公允价值和应支付的相关税费并考虑补价后作为换入资产的成本（有确凿证据表明换入资产的公允价值更加可靠，则以换入资产的公允价值作为确定换入长期股权投资的初始投资成本的基础），公允价值与换出资产账面价值的差额计入当期损益；如果该项交易不具有商业实质，或者公允价值不能够可靠计量的，换入长期股权投资的成本应当按照换出资产的账面价值和应支付的相关税费，并加减相关补价后的金额确定其初始投资成本。（5）债务重组取得的长期股权投资的初始投资成本，按照所取得长期股权投资的公允价值确定。（6）政府补助取得的长期股权投资，通常按照公允价值确定其初始投资成本。
按照所得税法规定，企业对外进行权益性投资，在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。投资资产成本的确定方法为：（1）通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；（2）通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以取得时该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。
可见，会计标准与税法在确定对联营或合营企业的长期股权投资的初始投资成本时的原则基本一致。即按照会计标准所确定的对联营或合营企业投资的初始投资成本与按照税法认定的权益性投资资产的成本基本相同。但是，在某些情况下也会产生差异，例如，按照会计标准要求对于不具有商业实质（在实务中这种交易不具有普遍性）或者公允价值不能可靠计量的非货币性资产交换交易按照换出资产的账面价值作为换入资产入账价值的基础，税法通常要求按照公允价值计量换入资产的价值。按照所得税会计核算要求，在资产、负债的初始确认时，除了企业合并并且交易发生时既不影响会计利润也不影响应纳税所得额（或可抵扣亏损）的情况以外，其他情况下，通常应当确认资产、负债的账面价值与其计税基础之间产生的暂时性差异的所得税影响。对于不具有商业实质的交易，会计与税法处理不同而产生差异，在该项差异发生时不影响会计利润，但会影响应纳税所得额（税法按照公允价值确定换入资产的成本，公允价值与其账面价值的差额计入应纳税所得额），是否应当确认该部分暂时性差异的所得税影响，应当考虑该项长期投资是否意图长期持有：如果企业管理当局意图长期持有，则不会产生所得税影响，也不需要确认由此产生的递延所得税负债（或资产）；如果企业管理当局意图于未来出售该项投资，因出售投资时将产生所得税影响，应当按照预计出售时所适用的所得税税率计算确认由此产生的暂时性差异的所得税影响。
同时，对联营或合营企业投资采用权益法核算时，当其初始投资成本小于投资时应享有被投资单位可辨认资产、负债等公允价值份额的差额，按照会计标准将其直接计入当期营业外收入，并调整长期股权投资的初始投资成本。税法对于该部分差额不计入产生当期的应纳税所得额，则其账面价值会大于计税基础。在这种情况下，是否需要确认暂时性差异的所得税影响，也应分别持有意图确定。如果企业意图长期持有该项投资，则不会产生所得税影响，不需要确认由此产生的递延所得税负债；如果企业意图将出售该项投资，按照投资企业未来处置该项投资时所适用的所得税税率计算确认应纳税暂时性差异的所得税影响金额，即确认一项递延所得税负债。
