1.资本配置失效。一是非相关多元化扩张会加剧内部资本市场中的信息不对称，不仅使集团的决策效率下降，而且会影响内部资本市场治理控制功能的有效发挥，使得内部资本市场的治理功能随多元化程度的加剧而逐渐削弱。二是内部资本市场可使分子公司更容易得到充足的资金支持，从而使其更倾向于投资高风险的项目，增大了投资风险。三是不公平的内部关联交易或者低效率补贴，降低了内部资本的使用效率。
2.损害公司绩效。由于集团总部可以在分子公司内有目的地分配现金流，因而各分子公司包括上市公司的经营业绩都能被调节。具体表现为通过资产置换或直接掏空上市公司的资产向控股集团或其关联方输送利润导致业绩好的分子公司或上市公司业绩下滑。如2002年江苏阳光民营化之后，不断通过资金占用、关联交易和资产置换向控股股东阳光集团及其关联方输送利益，导致江苏阳光2002~2005年的业绩大幅下滑。
3.风险扩散。内部资本市场的存在使得集团内部单个成员企业的经营与财务风险很容易扩散至整个企业集团。尤其是在金字塔结构的控股公司内，处于最终控制人地位的企业由于掌控着下属公司庞大的经济资源，其经营风险将会危害到下属控股公司，如果没有有效的内部治理，最终控制人发生经营风险和道德风险的几率会大增，这种风险的扩散将变得不可避免，德隆集团的瓦解就是一个很好的例证。
4.预算软约束。集团内部的低效率补贴既挫伤了业绩好的部门或上市公司的积极性，同时也损害了其他控股公司的中小股东利益。更重要的是，低效率补贴扭曲了内部资本市场的资本配置机制，使得原有预算无法发挥约束功能。
如何规制
1.完善相关法律法规。首先，立法规范内部资本市场交易行为。一是限制投资行为，将公司对外投资限制在其资产净值的一定比例内，从而避免内部资本市场规模过大，组织过于复杂；二是限制担保行为，我国现行《公司法》目前尚没有限制公司对股东的担保，也没有对公司其他形式的关联担保做出实质性限制。其次，立法规范与上市公司有关联交易公司的信息披露。目前，关联交易的信息披露规则主要包括由财政部颁布的会计准则与制度以及证监会所发布的信息披露规范中涉及关联交易的规定。这些法规并不直接对内部资本市场的运作作出禁止性的规定，而是借助于提高公司的透明度对其进行间接管制。正是由于其属于非禁止性规则，因此监管效力有限。鉴于诸多关联公司并不是上市公司，法律对其资金使用情况的信息披露没有严格要求，在当前上市公司关联交易频繁发生的情况下，有必要提高立法层级，对与上市公司有关联交易的公司也制定相应的信息披露法规，并对关联方大股东的表决行为作出禁止性的规定，从而更好地约束与管理内部资本市场交易行为，缓解大股东占款问题。最后，进一步完善会计准则，在报表列报中增加全面收益表。全面收益表体现了公允价值的观点，表中资产以公允价值计量，并对未发生的资本利得与损失进行确认。新准则仅将“公允价值变动净收益”与“资产减值损失”两项纳入利润表，对全面收益的其他项目并未涉及。若企业单独编制全面收益表，投资者可通过对期末净收益与全面收益两者比较并结合现金流量，更深入地了解公司经营业绩的实质。
2.提高违规成本。控股股东利用控股权掏空上市公司的现象屡禁不止，从成本与收益的角度看，这是由于控股股东能够享受到的控股权收益远远高于控股成本上升以及掏空行为被发现后所受到的惩罚。因此，证券监管部门应当加大惩处力度，以有效遏制掏空行为的发生。
3.强化内部控制。企业集团的内部控制在一定程度上能降低内部资本市场的监督成本、信息传递成本和代理成本，有利于规范内部资本市场的行为，是内部资本市场功能实现的保障机制。因此，上市公司及企业集团应严格按照《企业内部控制基本规范》的要求，从规范公司治理结构入手建设内部控制制度并执行到位。
