企业内部资本市场是伴随着集团企业的产生而产生的。当集团企业各成员企业间为了争夺资源而展开竞争，特别是当不同的成员企业拥有不同的投资机会时，集团总部为追求公司整体利益最大化，需要将资金集中起来重新配置，这种资金的再分配使集团内部实际上形成了一个微型资本市场，各成员企业为了各自的投资项目竞争资本资源。但由于我国公司治理环境存在缺陷，内部资本市场在运作过程中极易发生功能异化，存在诸多潜在陷阱及风险，需要企业及监管层加以合理规制。
内部资本市场存在的潜在陷阱
1.集中配置资源易导致过度投资与多元化。内部资本市场的存在缓解了企业的融资约束，提高了资本的配置效率，运作起来具有较强的灵活性和高效率。但也使各分子公司的投资更容易得到资金支持，从而诱发一些公司负责人急功近利的心态，在发展战略尚未明确时仓促上项目，最终导致非相关多元化经营问题的产生。而一旦发生资金供应不到位或外部环境改变，将会给公司的发展带来致命打击。赵新先从1985年以500万元贷款起家创办南方制药厂开始，缔造了横跨医药、汽车、食品、酒业、饭店、商业、农业、媒体八大产业的三九集团，控制了三九医药、三九生化、三九发展三家上市公司和数百家直属企业，总资产达200多亿元。三九集团通过内部资本借贷、担保、融资租赁、资产和服务交易，大量占用三九医药的资金以支持其多元化扩张，但2002年因占用上市公司资金而遭证监会通报批评并立案稽查后，危机接踵而来，八大产业的高调扩张步伐戛然而止。截至2006年年底，三九集团共有银行债务102亿元。
2.内部关联交易诱发利益侵占。内部资本市场的关联交易包括控股子公司间的内部借贷、相互担保、产品或服务交易所形成的应收或应付账款和资产买卖。如果这些内部交易行为是建立在公平交易基础之上的，其对于各利益相关者来说是有利的，尤其是在外部市场效率低的情况下，这些交易可以节省交易费用，但如果这些交易是另有目的的非公平交易，则往往成为控股股东侵占中小投资者利益的工具，这时内部资本市场就会异化为“利益输送”的管道。2002年6月，上海庆安成为科苑集团的实际控制人，在整合化工、医药产业未果之后，将其所持的安徽省应用技术研究所的股权质押给银行，收回9 800万元；还利用自己对安徽省应用技术研究所、科苑集团的控制权，与关联公司上海亚安、上海润安、上海翰亚进行了一系列造假交易，以拆借、受让委托资产等形式，形成了对科苑集团的欠款，后逐步计提坏账，从科苑集团“掏出”约2.5亿元。到2008年年底，科苑集团这个名噪一时的“高科技”上市公司已经是连续两年亏损。
3.经理人的寻租行为导致低效率补贴。企业集团内部资本市场的寻租，是指集团公司CEO、子公司经理或部门（或分部）经理作为代理人，通过非生产性的寻租活动来影响委托人（董事会、集团总部）在企业集团内部的资本配置行为。事实上，它是经理人追求个人利益的行为。寻租行为的存在可能会导致内部资本市场的“集体主义”,当各分子公司有不同的投资机会时，集团总部在资本配置过程中会偏离效率点，其结果往往使弱的分子公司得到比最优配置还多的资本，并有可能导致其投资失败。九发集团就曾为发展九发深海矿泉水、九发养马岛旅游项目和正大物贸中心等项目，大量挪用上市公司九发股份的资金。据九发股份2007年年报显示，正大物贸中心拖欠其近8.8亿元应收款项，占其总资产的41%,是其所有者权益的2.9倍，最终导致其资金紧张，银行借款全部逾期，利息支出达1.11亿元，2007年全年累计亏损4.73亿元。
4.盈余管理行为会降低资源配置效率。企业集团内部的控股股东、管理者为获取私利，通过盈余管理有目的地控制财务报告，或是在编制财务报告和进行交易时，有意选择有利于公司的会计政策、会计估计方法等来修饰财务报告，从而误导集团和利益相关者对公司业绩的判断，导致资源配置效率降低。
