在免税改组合并中，被合并方资产转让产生的增值收益按规定可以不缴纳企业所得税。合并方接受被合并方的有关资产，计税时可按原账面价值确定计税基础。
在同一控制下的免税改组合并中，合并方取得资产、负债的入账价值与其计税基础不存在差异，也就不发生所得税影响问题。
如果在非同一控制下的免税改组合并中，合并方按企业合并会计准则的规定，以公允价值计量各项取得可辨认资产、负债的入账价值，而其计税基础是以被合并方的原账面价值确定的，两者的差异符合确认条件的，应当确认为递延所得税负债或递延所得税资产，并直接调整商誉（或负商誉，计入营业外收入）的初始确认金额；同样，对于初始确认的商誉，其账面价值与计税基础的差异，按所得税会计准则的规定，不确认相关的所得税影响。
例3：如果A公司、B公司不存在关联关系，假设该项合并符合税法规定的免税合并条件，其他资料同例1，则A公司的会计处理如下：
借：库存商品 800
固定资产 6 000
商誉 400
贷：应付账款 300
长期借款 800
银行存款 100
股本 4 000
资本公积 2 000
本例中，库存商品账面价值800万元，计税基础1 000万元，产生可抵扣暂时性差异200万元，应确认递延所得税资产50万元（200×25%）；固定资产账面价值6 000万元，计税基础5 000万元，产生应纳税暂时性差异1 000万元，应确认递延所得税负债250万元（1 000×25%），并直接调整商誉的初始确认金额200万元。
借：递延所得税资产 50
商誉 200
贷：递延所得税负债 250
