原税法下，内资企业工资扣除办法有很多种，如计税工资办法，事业单位工资据实扣除办法，软件开发企业、集成电路生产企业据实扣除办法，饮食服务行业提成工资办法，工效挂钩计税工资办法，等等。国税发[2006]137号文《关于调整企业所得税计税工资政策具体实施有关问题的通知》曾规定，除国有和国有控股的工商企业、经财政部和国家税务总局审核同意执行工效挂钩计税工资政策的改组改制为股份制的金融保险企业外，其他企业一律不得采用工效挂钩办法。新税法对企业工资采取的是“发生的合理的工资薪金支出准予扣除”原则，工效挂钩办法在新税法中不复存在。对于原执行工效挂钩办法的企业，在2008年1月1日以前已按规定提取，但因未实际发放而未在税前扣除的工资储备基金余额，国税函[2009]98号文第六条规定，可于2008年及以后年度实际发放时，在实际发放年度企业所得税前据实扣除。
七、关于以前年度未扣除的广告费的处理
根据原外资企业所得税法，外资企业发生的广告费支出予以据实扣除。而内资企业根据国税发[2000]84号文及以后的有关文件，除特殊行业另有规定以外，采取的是分类按销售收入的不同比例扣除，超过部分可无限期向以后纳税年度结转。新税法将广告费与业务宣传费合并计算，不再分别按各自比例计算。根据新税法实施条例，企业发生的符合条件的广告费和业务宣传费支出，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，不超过当年销售（营业）收入15%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。那么实行新税法后，对于企业在2008年以前按照原政策规定已发生但尚未扣除的广告费如何处理呢？国税函[2009]98号文第七条规定，其尚未扣除的余额，加上当年度新发生的广告费和业务宣传费后，按照新税法规定的比例计算扣除。
八、关于技术开发费的加计扣除形成的亏损的处理
国发[2006]6号文《国务院实施〈国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020年）〉的若干配套政策》对企业技术开发费所得税前加计扣除政策进行了调整，允许企业按当年实际发生的技术开发费用的150%抵扣当年应纳税所得额，企业实际发生的技术开发费用当年抵扣不足部分，可按税法规定在5年内结转抵扣。为贯彻落实国发[2006]6号文，财税[2006]88号文《关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》对内、外资企业技术开发费的扣除又作了具体规定，这些规定改变了国税发[1996]152号文《关于促进企业技术进步有关税收问题的补充通知》、国税发[1999]173号文《关于外商投资企业技术开发费抵扣应纳税所得额有关问题的通知》等文件对内、外资企业技术开发费加计扣除的有关限制，有利于营造激励自主创新的环境，推动企业加大技术创新力度。但在原税法下，根据原企业所得税申报表（国税发[2006]56号文《关于修订企业所得税纳税申报表的通知》），企业减去加计扣除额后的年度应纳税所得额不得为负数，即技术开发费结转以后年度扣除部分并不包括加计扣除额。新税法及其实施条例规定，企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。但对由于技术开发费加计扣除而使企业形成年度亏损的情况，新税法及其实施条例并未明确处理办法。为此，国税函[2009]98号文第八条明确，对企业由于技术开发费加计扣除部分已形成企业年度亏损，可以用以后年度所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。文件的这一规定实际上是将因技术开发费加计扣除而使企业形成的亏损部分作为纳税调减项目处理，同时也符合国发[2006]6号文的精神。
九、关于开（筹）办费的处理
《企业会计制度》第50条规定，除购建固定资产以外，所有筹建期间所发生的费用，先在长期待摊费用中归集，待企业开始生产经营当月起一次计入开始生产经营当月的损益。对于执行新准则的企业，根据《企业会计准则应用指南—会计科目和主要账务处理》，企业在筹建期间内发生的开办费，应在“6602 管理费用”科目中核算。原内资企业《企业所得税暂行条例实施细则》第三十四条规定，企业在筹建期发生的开办费，应当从开始生产、经营月份的次月起，在不短于5年的期限内分期扣除。外资企业在《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》中也有与内资企业类似的规定。可以看出，原内、外资税法对开办费的处理与企业会计制度和新准则都存在差异。而新税法实际上对于开办费的处理并未明确。国税函[2009]98号文第九条对此明确：新税法中开（筹）办费未明确列作长期待摊费用，企业可以在开始经营之日的当年一次性扣除，也可以按照新税法有关长期待摊费用的处理规定处理，但一经选定，不得改变。企业在新税法实施以前年度的未摊销完的开办费，也可根据上述规定处理。文件的这一规定实际上是将开（筹）办费税前扣除处理的选择权留给了企业。
