根据原内、外资企业所得税法，内资企业收入总额及外资企业来源于中国境内的所得都包括利息收入、租金收入和特许权使用费收入，并都明确上述三项收入应按照权责发生制的原则确认收入的实现时间。而新税法实施条例第十八、十九、二十条分别规定，上述三项收入实现的时间应分别按合同约定债务人、承租人、特许权使用人应付相应收入的时间确认，即基本上以收付实现制确认上述收入。对于新税法实施前根据原政策已按权责发生制计入当期收入的利息收入、租金收入、特许权使用费收入，国税函[2009]98号文第三条规定，在新税法实施后，凡与按合同约定支付时间确认的收入额发生变化的，应将该收入额减去以前年度已按照其它方式确认的收入额后的差额，确认为当期收入。
四、关于以前年度职工福利费余额的处理
“两法”合并前，内资企业根据《企业所得税暂行条例》，其职工福利费按照计税工资总额的14%计算扣除；外资企业根据国税函[1999]709号文《关于外商投资企业和外国企业为其雇员提存医疗保险等三项基金以外的职工集体福利类费用税务处理问题的通知》，企业实际发生的不属于医疗保险基金、住房公积金、退休保险基金、职工教育经费、工会经费的其他职工福利类支出，不超过企业全年职工税前列支工资总额14%的部分可按实际发生数在当年度税前扣除，超过部分不得在以后年度扣除。新税法实施条例第40条规定，企业发生的职工福利费支出，不超过工资、薪金总额14％的部分，准予扣除。这里强调了可以税前扣除的职工福利费必须是实际发生的支出，与原内资企业不论福利费用是否真实发生，均按计税工资的14%计算扣除明显不同。2007年开始执行新《企业会计准则》、新《企业财务通则》的企业都取消了会计上沿用多年的“按工资总额14%计提福利费”的处理办法。国税函[2008]264号文曾规定，对企业以前年度已计提而未实际使用的职工福利费，应累计计入职工福利费余额。2008年及以后年度发生的职工福利费，应先冲减以前年度累计计提但尚未实际使用的职工福利费余额，不足部分按新企业所得税法规定扣除。企业以前年度累计计提但尚未实际使用的职工福利费余额已在税前扣除，属于职工权益，如果改变用途的，应调整增加应纳税所得额。国税函[2009]98号文第四条对2008年度以后职工福利费的处理与国税函[2008]264号文的规定基本一致。这里需要注意的是，职工福利费必须按规定用途使用。国税函[2009]3号文《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》详细列举了可在税前扣除的职工福利费的范围，并明确发生的职工福利费应该单独设置账册，进行准确核算。
五、关于以前年度职工教育经费余额的处理
需要注意的是，新准则对职工教育经费的处理与职工福利费不同，仍需按国家规定的计提基础和计提比例计提。“两法”合并前，内资企业根据《企业所得税暂行条例》，职工教育经费按照计税工资总额的1.5%计算扣除；外资企业根据国税函[1999]709号文规定，可根据财务会计制度规定的标准计提职工教育经费。财税[2006]88号文《关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》则对职工教育经费的税前扣除作了新的规定，明确从2006年1月1日起，对财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业等提取并实际使用的职工教育经费在不超过计税工资总额2.5%以内的部分可在企业所得税前扣除。这个文件在提高了可税前扣除的职工教育经费计提标准的同时强调了实际使用。新税法实施条例第四十二条规定企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额2.5%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。新税法同样强调了必须是实际发生的职工教育经费才允许扣除。对于在2008年以前已经计提但尚未使用的职工教育经费余额如何处理呢？国税函[2009]98号文第五条规定，2008年及以后新发生的职工教育经费应先从余额中冲减。仍有余额的，留在以后年度继续使用。
