（四）核定的准确度难以确定
核定税款的过程，实际是征纳双方的博弈过程，但是纳税人明显占据了的博弈的主动权，主要表现在纳税信息的掌控方面，征纳信息不对称，因为只有纳税人才最清楚自己必须纳税的事实及实际收入和成本等纳税资料，而这些资料，对于一些想方设法偷逃税款的纳税人来说，是不可能提供给税务机关作为计税依据的。对于税务机关来说，由于技术、人员、信息等条件的限制，要完全了解和掌握纳税人的生产经营状况和实际收入水平也是不现实的。正是税收征管中征纳双方的信息不对称，税务机关的税收执法的准确度在很大程度上有赖于纳税人向税务机关所提供的税务资料的完整性、准确性和可信度。可是，纳税人追求利益最大化的内在动机，往往会促使其为减轻税收负担而采取不正当的手段，蓄意隐瞒真实的纳税信息或对纳税信息进行“技术处理”，致使税务机关掌握的是虚假的或质量很低的纳税信息。正是基于这种现实，征纳双方在核定税额的博弈过程中，纳税人必然会以种种理由强调其经营情况的特殊性，达到说服税务机关从低核定税款的目的。在这种情况下，真正对纳税人具有说服力的核定依据只有两个，一是税务机关掌握的真实的纳税证据；二是纳税人自己提供的纳税信息。在实践中，税务机关要掌握纳税人真实完整的纳税证据是很困难的，剩下的依据就只有纳税人自己提供的纳税信息了，因此，税务机关很普遍的做法就是在纳税人自己申请缴纳的税额基础上，增加一定额度即可。这种核定结果可以说服纳税人，但对征纳双方以外的其他人的说服力是极其有限的。
（五）核定征收容易造成税负不公
上面说到，税额核定的过程是一个征纳双方的博弈过程，一个要从高，一个要从低，最终的结果往往是征纳双方互相妥协的结果，核定的应纳税额绝大多数都比实际应纳税额要低，因此按规定建账并实行查账征收的纳税人，其税负往往比核定征收的纳税人要重，客观上造成了查账征收户与核定征收户的税收待遇不平等现象，形成了鼓励纳税人不按规定建账的导向。如我市某工业园内有A、B两家相同规模，均从事硅锰合金冶炼的企业，A企业财务核算制度健全，其企业所得税实行查账征收；B企业不能准确核算收入成本，其企业所得税实行核定征收。2005年，A企业实现企业所得税21.5万元，税务机关按规定核定B企业应纳企业所得税为20万元；2006年A企业账面实现企业所得税39.7万元，税务机关以此为依据，准备核定B企业2006年企业所得税为39万元，但B企业无论如何也不同意，并向主管税务机关说明了产品销售形势不好、设备发生故障、经营状况不正常等理由，并向税务机关提供了相关的证据，当地政府领导也来做税务机关的工作，最后税务机关决定维持上年标准不变，仍然核定为20万元，这个决定引起了A企业强烈的反感，向当地政府“优化办”投诉税务机关征税不公。撇开最终处理结果不谈，此类现象在各地屡见不鲜，从本案中可以推断出核定征收所造成极为容易造成税负不公，形成老实人“吃亏”的反常现象。
（六）具体税种的核定不规范
《征管法》是程序法，只对核定税收作了程序方法方面的规定，对税种的核定是国家税务总局通过文件进行规范的，由于存在国税、地税部门行使核定权不明确、实体法操作复杂等方面的原因，具体税种核定还存在一些亟待规范的问题。
一是计税依据的核定问题。
1.城建税计税依据的核定。按规定城建税计税依据是“三税”税额，如果纳税人未向国税机关缴纳增值税、消费税的，就不用向地税机关缴纳城建税。但实际上很多地税机关都是单独进行核定征收城建税的，不管纳税人是否缴纳增值税、消费税，纳税人都要缴纳城建税，与《城市维护建设税暂行条例》第三条不符。
2.个人所得税计税依据的核定。国家税务总局在《关于个体工商户定期定额征收管理有关问题的通知》（国税发[2006]183号）文件中规定，“个人所得税附征率应当按照法律、行政法规的规定和当地实际情况，分地域、行业进行换算。个人所得税可以按照换算后的附征率，依据增值税、消费税、营业税的计税依据实行附征。”按此规定，如果国税机关不对纳税人的经营额进行核定，地税机关就不能进行核定；进一步来说，如果国税机关已经核定了经营额，但核定结果明显偏低时，地税机关仍然要按照国税机关核定的经营额核定个人所得税。再者如果纳税人认为国税机关核定的经营额偏高，因此而申请复议或提起诉讼，那么其城建税、个人所得税是否也要连带申请复议或者提起诉讼呢？核定的责任到底由国税机关还是地税机关担当？显然，按照分税制有关规定，要地税机关承担国税核定计税依据的责任是不合理的。我市某超市，2005年，当地国税机关核定的月经营额仅为5万元，但主管地税机关调取其电脑销售记录时发现，其实际经营额每月都超过了40万元，最多的一个月经营额高达140多万元，主管地税机关虽然掌握了确切的证据，但主管地税机关单方不能进行税额调整。
