如果认可公司制企业投资于一家有限合伙企业也属于长期投资，则未来投资人将其权益转让应视为实现了资本利得或损失，其税收政策应与转让一家公司股权时应税所得或损失的处理方法相同。
如果自然人转让其在合伙企业的权益，由此而产生的利得是作为我国《个人所得税法》中规定的“财产转让所得”税目征收20%固定税率的个人所得税，还是按照“个体工商户”税目适用五级超额累进税率，目前政策并不明确，实务中各地存在不同的做法。同时，在计算权益转让利得时，如果以转让收入减去合伙人的初始投资，则转让利得中便可能隐含了合伙人留存于合伙企业的收益，且这部分收益已被课税，那么，在计算权益转让利得税时，应考虑对该部分留存收益的扣除。对此，目前的税收政策对计算办法仍未作明确规定。另外，类似于合伙企业日后转变为公司制企业等重组活动中的会计和税收问题，在政策层面上也存在着诸多空白之处。
七、总结与建议
通过上述六方面的比较分析，笔者总结本文的要点如下，并提出几点建议：
1. 在创立一家企业时必须考虑采用何种组织形式，其间需要考察各种非税因素，而税收因素也是决定选择企业组织的一个重要方面。我国目前关于合伙企业的财税政策基本上没有考虑到有限合伙企业这种新型企业组织形式，迫切需要研究、制定、落实与这种企业形式有关的财务、会计和税收政策。同时，由于合伙企业在我国企业总量中所占比重甚微，故这方面的财税政策也处于建设期的初级阶段，一些不够明晰的问题亟需调查和分析研究，从而为相关行为主体提供规范指南，也有利于其有效决策。
2. 一种组织形式比起其他组织形式是否具有税收优势，应该因时因“人”而论。我国已于2008年1月1日起实行新《企业所得税法》，对于内资企业而言，该法总体上减轻了纳税人的税收成本。在这种背景下，如果不考虑递延纳税因素，自然人投资于合伙企业的税收成本与公司制企业的税收成本目前已无明显优势可言。而公司制企业投资于有限合伙企业，特别是如果被投资企业属于创业投资企业时，其税收成本目前甚至会高于投资公司制企业。因此，新《企业所得税法》实施以后，与合伙企业有关的所得税政策有必要作进一步调整和完善，包括计算应税所得时的税前扣除、税收优惠政策方面与公司制企业适用政策的对接，个人所得税最高边际税率的适当下调，制定更趋合理的亏损弥补政策等。否则，如果合伙企业的税收政策与公司制企业相比处于劣势，可能不利于这种组织形式的健康发展。
3. 一般观点认为，合伙企业充当向所有者转移收入的管道，较之于公司制企业的税收优势是不存在双重征税，然而通过分析发现并不尽然。如何解决其中的不合理重复征税，特别是合伙企业投资分红部分的重复征税，是政策制定者应予考虑的问题。笔者建议对于有限合伙性质的创业投资企业从被投资企业分配的利润（按有限合伙人的占伙比例）不计入其应纳税所得额。
