除了企业所得税方面的上述差异外，公司制企业与合伙企业在税前扣除和税收优惠政策方面也存在一定差别。关于合伙企业计算投资人个人所得的税前扣除政策，在财税[2000]91号文中规定了部分项目扣除办法，其他项目的扣除办法执行国税发[1997]43号文的规定。《财政部、国家税务总局关于调整个体工商户、个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）下发后，对上述两个文件中的部分规定作了修改，并在一定程度上消除了与新《企业所得税法》及其实施条例中有关税前扣除规定的差异，但笔者认为，在某些方面仍然需要改革和完善相关政策。主要有：
1. 新《企业所得税法实施条例》中规定，飞机、火车、轮船以外的运输工具的折旧年限缩短为4年，电子设备缩短为3年。对符合条件的固定资产还有加速折旧的规定。《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）规定，企业购买的软件产品经主管税务机关核准后可以分2年摊销，在计算企业应纳税所得额时于税前扣除。然而，目前有关计算合伙企业合伙人应税所得的上述税前扣除政策未作相应调整，一般运输工具和电子设备的折旧年限仍不得短于5年，而购入软件的摊销年限只能对应于不得短于10年的规定。
2. 新《企业所得税法》及其实施条例中规定：创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，可以按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。显然，创业投资企业如果属于公司制企业，便可享受此税收优惠政策；而创业投资企业如果属于有限合伙企业性质，则不能适用上述优惠政策。那么，在计算创业投资企业合伙人应税所得时，能否将创业投资企业符合条件投资额的70%予以抵扣，这是有待研究的一个问题。
3. 目前，按企业研究开发费用的150%在税前加计扣除的优惠政策也是针对缴纳企业所得税的企业的，有限合伙企业同样不能适用该项政策。
4. 国税发[1997]43号文中规定：“个体户将其所得通过中国境内的社会团体、国家机关向教育和其他社会公益事业以及遭受严重自然灾害地区、贫困地区的捐赠，捐赠额不超过其应纳税所得额30%的部分可以据实扣除。”计算合伙企业投资人应税所得时目前仍执行本条规定。但在有限合伙企业出现之后，该条款在执行中产生了困惑：以有限合伙企业名义所作的公益性捐赠，如何在公司性质的有限合伙人的税前扣除是否按占伙比例将捐赠额分配给合伙人，公司性质的有限合伙人再按《企业所得税法》中规定的标准（不超过利润总额的12%）在税前扣除
5. 关于资产减值准备金的扣除问题。财税[2000]91号文第六条规定：合伙企业计提的各种准备金不得扣除。而新《企业所得税法》第十条规定：未经核定的准备金支出不得税前扣除。相比之下，前者的规定更加严格。笔者认为这是值得商榷的。且不说合伙企业投资人的风险和责任较重，而且合伙企业本身可能从事高风险经营项目，如风险投资。如果对合伙企业计提的任何准备金都不得扣除，很可能导致合伙企业应税所得与损失状况在不同纳税年度之间的分布失当，特别是前期出现高额所得，后期税收口径的损失实现，该损失又不能向前结转退税，往往导致对投资人征税的公平性有所缺失。
6. 以上5点是针对被投资企业所作的分析。在投资人层面也存在税前扣除的差别。如果甲、乙、丙3名自然人设立一家A合伙企业，所需缴付的出资由3人分别向银行贷款，按照我国税法规定，贷款利息不得抵减3人的应税所得。这是我国目前的个人所得税税制与他国不同之处。例如，英国税法对个人贷款利息支出规定有一定的扣除项目，如给合伙企业（在资产账户上）提供资金的利息。由于我国现行分项税制的影响，假定上述3人又投资设立了一家有限公司，现通过有限公司投资另一家有限合伙企业，则通过有限公司融通贷款发生的利息，按《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）的规定可在公司税前扣除。显然，投资人可以作相应的税收筹划，改变投融资渠道，并且选择设立有限合伙企业。
