一般观点认为，合伙企业的所得税负担轻于公司制企业。理由是：对作为投资人的自然人在税收成本上有一定差别，公司制企业存在企业所得税双重征税问题，而合伙企业只对合伙人征收一重所得税。
《合伙企业法》、新《企业所得税法》以及新《企业所得税法实施条例》均明确境内合伙企业不征收企业所得税，而早在2000年9月，财政部、国家税务总局根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》中有关“对个人独资企业和合伙企业停征企业所得税，只对其投资者的经营所得征收个人所得税”的规定，制定了《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》，明确自2001年1月1日起执行。
基于上述规定，合伙企业与公司制企业的税收差别主要表现在投资人身份为自然人时。
例1：现有两名自然人拟设立一家企业，如果设立公司制企业且有所得，则其所得税综合税负为：25%+（1-25%）×20%=40%。即假定公司有应税所得100万元，先缴纳企业所得税25万元（税率按25%计算），税后利润75万元在分配给个人时，再扣缴股东20%税率的个人所得税，计15万元。合计的所得税税额为40万元。如果所投资公司为上市公司，则分红环节的个人所得税目前减半征收，综合税负略低。
如果改为设立合伙企业，则企业不缴纳企业所得税，100万元利润全部分配合伙人时，由合伙人缴纳个人所得税，税率为五级超额累进税率。根据规定，假定上述利润由两名合伙人平分，则应缴个人所得税为：[（500 000×35%-6 750）] ×2=336 500（元）。所得税综合税负为33.65%。
不过，如果进一步结合我国目前的税收制度，可以发现设立合伙企业的所得税成本不一定是低于设立公司制企业的。现不考虑投资人是境外企业或自然人的情形，试作分析如下：
首先，如果公司制企业的股东是自然人，企业实现的所得在缴纳25%的企业所得税后，只要不向个人分配税后利润，股东层面的个人所得税便可向后递延，现时税负只有25%。而合伙企业实现的所得无论是否向自然人合伙人分配，都要按占伙比例或按合伙人人数分配所得，对照五级累进税率征收个人所得税，当个人所得超过5万元后，累进税率便达到35%。可见，合伙企业看似只对股东实体征收一重所得税，但边际税率较高，且不能延迟纳税义务。另外，从2008年1月1日起我国新《企业所得税法》实施以后，国家重点扶持的高新技术企业所得税率降至15%，小型微利法人企业所得税率降至20%，且适用范围有所放大，相形之下，合伙企业的税收优势又有所弱化。
其次，如果公司制企业的股东又是法人公司，企业实现的所得在缴纳25%的企业所得税后，按照新《企业所得税法实施条例》的规定，分配给股东的红利属于免税收入。而有限合伙企业分配给作为有限合伙人的公司制企业，须并入该公司应纳税所得额缴纳25%的企业所得税。从这一角度看，两者税收负担并无明显差别。更进一步，如果作为有限合伙人的公司制企业又是由自然人设立的，有限合伙人未来向其分配利润时，还存在一重个人所得税，此时仍存在双重征税问题。
再次，如果一家法人公司A投资于有限责任的B公司，B公司专业从事投资业务，B公司又投资了一家境内C公司，C公司向B公司的分红属于股息性免税收入，B公司再将这部分收益分配给A公司，同样属于免税收入。我们再来考察另一种情况：如果一家法人公司A投资于有限合伙企业B，B专业从事投资业务，投资于一家境内C公司，C公司向B企业的分红在B企业固然不产生企业所得税问题，但B企业再将这部分收益分配给A有限合伙人时，必须计入A公司的应纳税所得额缴纳25%的企业所得税。在后一种情况下，有限合伙企业各纳税环节的综合税收成本反而高于公司制企业。因此，我们不能仅从合伙企业表象上的“一重所得税”便得出低税收成本的结论。
