一、房地产开发用地城镇土地使用税纳税期限问题
国税发[2004]100号文规定“除经批准开发建设经济适用房的用地外，对各类房地产开发用地一律不得减免城镇土地使用税。”这就明确了城镇土地使用税的减免问题，但是对开发用地城镇土地使用税的缴纳起止时间并未明确规定。根据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第九条的规定，“征用的非耕地，自批准征用次月起缴纳土地使用税。”这里的批准征用的时间，有不同的理解，一是国土局与企业签订的国有土地出让合同所确定日期；二是《建设用地许可证》的征用日期；三是土地使用证的签发日期。上述三个时点，都可理解为土地批准征用的时间，至于以哪个时间为准，并没有明确的政策规定。
对开发用地终止计算土地使用税的时间也有不同的看法：一是认为，建设用地土地使用税的计算时间应当截止至住户取得房地产权证之日。其理由是房产公司为住户办理房地产权证时要将原有的土地使用证交回土地管理部门，这时房产公司对开发用地的土地使用权也告终止；另一种观点则认为，土地使用税的计算截止日应该是在房产达到可使用状态，并且对已销售房产交付住户使用的时间，即商品房交房时间。持这种观点的主要依据是《土地使用税暂行条例》第二条、第三条对纳税义务人、计税依据的规定，强调“使用”和“实际占用”土地，认为交房后房地产公司已经没权使用房产所在的土地，也不存在“实际占用”土地的行为，所以不管交房时是否已办理房产证，均不再由房产公司缴纳土地使用税。在交房和业主取得房产证之间也有一段时间距离。这两个不同的计税终止时间应用哪个？也未明确。
二、对开发用地中用于小区道路、绿化用地的征税问题
开发用地土地使用税的计税依据，根据《土地使用税暂行条例》第三条的规定为“纳税人实际占用的土地面积”，实际占用的土地面积应该为国土部门核发的土地使用证上的土地面积。但也有人提出，房产开发商在取得开发用地时城市建设部门已经要求其按一定容积率、绿化率进行规划，国土部门下达的《建设项目规划设计许可通知书》里也标明了绿化率等，而根据《土地使用税暂行条例》第六条的规定“市政街道、广场、绿化地带等公共用地”免缴土地使用税，所以计算土地使用税的面积应是减去用于绿化和道路的土地面积后作为计税依据缴纳土地使用税。这里面小区绿化和道路用地能否作为公共用地免缴土地使用税成为一个争议的问题。据了解各地税务机关在这方面征税上也存在差异。
三、已完工未销售商品房是否由开发商缴纳土地使用税问题
对已完工尚未销售的商品房是否由开发商缴纳土地使用税的问题现在也存在比较大的争议。一种观点认为对已完工未销售的商品房，应该按其建筑面积占全部可销售房产面积的比例计算应分摊的土地面积，然后以应分摊的土地面积为计税依据由开发商承担这部分房产的土地使用税；另一种观点则认为，土地使用税暂行条例及相关法规的规定都没有明确待售商品房应由开发商缴纳土地使用税，况且在开发的房产部分销售办理房产证时，对原有开发土地的土地使用证已由国土部门收回，未销售的房产成了一种商品，开发商在没有使用的情况下是不应该负担这部分土地使用税的。这个问题现在各地税务机关在实际操作时也没有一个统一的标准，有的地方征收有的地方不征收。
四、待售商品房作为向银行申请抵押贷款的抵押物用时，征免房产税的问题
利用待售商品房作为抵押物向银行申请抵押贷款是房地产开发企业普遍存在的融资手段，如果根据《房产税暂行条例》第二条关于纳税人的规定，“房产税由产权所有人缴纳。”则待售商品房只要办理了房产证，且房产证的权属所有人为房地产开发企业，房产税就应该由房地产开发企业缴纳。但是根据国税发[2003]89号文的规定“鉴于房地产开发企业开发的商品房在出售前，对房地产开发企业而言是一种产品，因此，对房地产开发企业建造的商品房，在售出前，不征收房产税；但对售出前房地产开发企业已使用或出租、出借的商品房应按规定征收房产税。”待售商品房是否缴纳房产税就要根据房产是否已使用、出租、出借来区别对待。所以就存在了两种截然不同的观点，一种观点认为利用待售商品房作抵押物申请抵押贷款，只是对商品房设置了抵押权，并没有传统意义上对待售商品房的“使用”，所以将房产设置抵押不能认为是对房产的使用，不缴纳房产税；另一种观点则认为，利用待售商品房作抵押物申请抵押贷款的行为本身就是对房产的一种“使用”，是房产开发商行使了待售商品房的使用权，因此在待售商品房设置抵押期间应由房产开发商缴纳房产税。
