新《企业所得税法》规定对于企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定实行100％扣除的基础上，按照研究开发费用的50％加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150％摊销。《企业所得税法实施条例》虽然明确了企业所得税研究开发费用加计扣除优惠限定于开发新技术、新产品、新工艺，但仍存在几个不明确的问题：一是对于开发新技术、新产品、新工艺的认定，应怎么认定、由谁认定；二是研究开发费用项目内容，即研究开发费用究竟应列支哪些具体费用；三是原来的关于技术开发费的相关规定如何适用。根据《财政部、国家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2006〕88号）的有关规定，对符合条件的企业在1个纳税年度实际发生的技术开发费项目，按规定实行100%扣除基础上，再按当年实际发生额的50%在企业所得税税前加计扣除。企业年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣的部分，可以在以后年度企业所得税应纳税所得额中结转抵扣，抵扣的期限最长不得超过5年。但新《企业所得税法》规定企业的上述研究开发费在计算应纳税所得额时可按照研究开发费的50％加计扣除，而对企业以前年度结转技术开发费未抵扣额如何过渡处理，尚无明确规定。如果税务机关无法有效地对纳税人计提这部分费用进行监管，一些企业就会以开发新技术、新产品、新工艺的名义，多计提研发费用或扩大计提范围，从而产生关联企业避税的又一手段，即关联企业一方委托另一方进行研发，按照新《企业所得税法》的规定，对委托方而言可以享受加计扣除优惠，对受托方而言可以享受技术转让所得免税或者其他技术类优惠。
4．固定资产加计扣除政策的衔接问题。
《企业所得税法》第三十二条规定，企业的固定资产由于技术进步等原因，确需加速折旧的，可以缩短折旧年限或者采取加速折旧的方法。这里存在着与原税法对固定资产折旧年限认定不一致的衔接问题。如，新税法规定运输工具、电子设备的最低折旧年限由5年分别缩短为4年和3年，那么此规定是否仅指2008年1月1日以后购买的设备？对以前购买的设备执行什么政策？另外，此规定目前无法操作。因为对由于技术进步、产品更新换代较快的固定资产，常年处于强震动、高腐蚀状态的固定资产均并未明确具体范围。
5．资源综合利用政策问题。
《企业所得税法实施条例》第九十九条规定企业所得税法第三十三条所称减计收入，是指企业以《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的资源作为主要原材料，生产国家非限制和禁止并符合国家和行业相关标准的产品取得的收入，减按90%计入收入总额。问题在于企业综合利用资源所生产的产品，大多不对外销售，而是继续作为生产的原材料。如何合理确认相关收入，提出价格的核定、产品的计量等规定要求，成为在制定优惠目录时必须考虑的问题。
四、新《企业所得税法》征收管理中存在的问题
1．企业所得税核定征收企业适用税收优惠的问题。
《企业所得税月（季）度预缴纳税申报表》的填表说明指出：实行核定征收企业所得税的纳税人，可以依法享受过渡期的税收优惠、小型微利企业优惠、高新技术企业优惠和经税务机关审批或备案的其他减免税优惠。但是，这一规定与《企业所得税核定征收办法（试行）》的相关规定不衔接，在实际工作中难以操作。按《企业所得税核定征收办法（试行）》第四条规定，纳税人的收入或成本费用只有1项可以正确核算（查实、计算、推定）的适用核定应税所得率征收方式；1项都不能正确核算（查实、计算、推定）的，适用核定应纳所得税额征收方式。按《企业所得税法实施条例》规定，高新技术企业优惠应符合的条件包括：研究开发费用占销售收入的比例不低于规定的比例，高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例不低于规定比例。这就要求纳税人的收入和成本费用均能够准确核算，核定征收企业显然不能符合这一要求。
2．企业清算的企业所得税申报问题。
《企业所得税法》第五十五条规定，企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。《企业所得税法实施条例》第十一条规定，清算所得是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。笔者认为，从1994年以来，由于没有对企业清算作明确的征管规定，大部分企业注销时没有向税务机关提交清算报告，实际上税务机关很难对企业清算所得进行管理，企业注销时税收流失相当严重。
