2．具体执行中合理性原则的困惑。
新《企业所得税法》第八条和《企业所得税法实施条例》第二十七条在税前扣除中提出了“合理”这一标准。合理性原则的适用是国际上的一般做法。企业发生的与取得收入有关的、合理的支出可依法得到充分补偿。但对于合理性这样一个相对模糊的概念，由于人的理解角度和知识背景等存在差异，征纳双方甚至征收管理机关内部，很容易产生截然相反的解释，给新法的实施带来阻碍。
国家税务总局《关于印发新企业所得税法精神宣传提纲的通知》（国税函〔2008〕159号）指出，对工资支出合理性的判断，主要包括两个方面：一是雇员实际提供了服务，二是报酬总额在数量上是合理的。实际操作中主要考虑雇员的职责、过去的报酬情况，以及雇员的业务量和复杂程度等相关因素。同时，还要考虑当地同行业职工平均工资水平。但是，并未对利用此项目避税的不合理扣除作出规定，难以对企业股东以工资名义分配利润或经营者不适当地为自己开支高工资等作出界定，制定惩罚措施。可见，在合理性的评判标准方面，需要进一步制定更具有可执行性的量化指标。此外，目前我国企业所得税制仍未明确对职工数量的认定方法，对“在本企业任职或者受雇的员工”的界定并不明确。在实际操作中，对于使用劳务派遣企业提供的劳务人员应如何界定？对兼职人员工资是否应视作劳务费支出？存在一系列需统一征管口径的问题。同时由于对职工数量的真实性难以确认，使以工薪总额14%为界的职工福利费支出扣除也同样失去了准确计量的可能性。
3．福利费扣除问题。
新会计准则已取消职工福利费支出，统一在职工薪酬中核算。会计上要求企业在首次执行新会计准则时，将应付福利费转入“职工薪酬－福利费”，同时规定应付福利费结余，上市公司可以结余冲减当期管理费用，非上市公司继续按原有规定使用。税法却仍旧允许提取职工福利费。二者的不相吻合使企业无所适从，政策失去了得到真正执行的条件。
三、税收优惠政策中存在的若干问题
1．若干企业所得税优惠目录尚未出台。
《企业所得税法实施条例》第八十七条、第九十九条、第一百条提到的企业所得税优惠目录，除《国家重点支持的高新技术领域》、《资源综合利用企业所得税优惠目录》外，其他税收优惠项目执行标准仍未推出。因此，企业将不能及时享受到税收优惠。
2．环境保护、节能节水项目企业所得税优惠的管理问题。
《企业所得税法实施条例》第八十八条规定，企业从事前款规定的符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1年～第3年免征企业所得税，第4年～第6年减半征收企业所得税。这项规定存在的问题有：一是大型企业将环境保护、节能节水项目的产品，作为生产产品的原材料，不对外销售，而是减少原材料外购量，其项目所得应如何确定；二是在程序上，某项目在启动前，一般是先由管理部门对项目进行认定。认定后，企业再进行投资改造，然后竣工并取得生产经营收入。但在实际生活中，有许多企业是先进行投资改造，竣工并取得生产经营收入，后到管理部门认定项目，前后跨年度。在这种情况下，如何认定享受优惠政策的时间，成为需要明确的问题。
