一、由纳税人范围调整引发的总分机构企业所得税汇总征收问题
新《企业所得税法》把以公司制和非公司制形式存在的企业和取得收入的组织，界定为企业所得税的纳税人，这是适应经济主体变化形式的必然选择，符合国际惯例，具有前瞻性。但是有些问题依然没有彻底解决，如跨地区总分机构的企业所得税征管问题就是其中之一。
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）的规定，对于因新《企业所得税法》采取纳税人法人判定标准，而不再单独缴纳企业所得税的分支机构，国家采取了新的汇总征管办法。其税款预缴和汇算清缴的主要方法是：第一，对所缴纳企业所得税被纳入中央与地方共享收入范围的跨地区经营总分机构企业，统一计算总机构和分机构全部应税所得额、应纳税额。第二，将统一计算后的应纳税额在企业总机构和二级分支机构中按比例分摊后分别预缴。总机构按应纳税款的25%向所在地主管税务机关缴纳税款，年终汇总清算后的收入由中央和总机构所在地按60∶40分享；按应纳税款的25%预缴至中央国库，汇总清算后的中央国库内企业所得税收入60%为中央收入，40%由财政部根据2004年～2006年各地区3年实际分享企业所得税占地方分享总额比例定期划转。各二级分支机构按以前年度（1月～6月按上上年，7月～12月按上年）各自经营收入、职工工资、资产总额三因素（权重分别为：0.35、0.35、0.3）分摊剩余的50%应纳税额，并向二级分支机构所在地税务主管机关预缴税款，收入由中央和分支机构所在地按60∶40分享。第三，年度终了后，总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除已预缴税款，多退少补。此方法的执行将显著调节企业所得税收入在地区间的分配，对解决地区间财力不均问题，提高分支机构所在地税收征收管理积极性，均具有一定的积极作用。但是，在实施的过程中，这些方法也表现出一些问题，如果不加调整，将使其实际发挥作用大打折扣。
1．二级分支机构计税和征收管理中存在的问题。
（1）仍未彻底解决分支机构利用自身税收优惠条件转移企业利润，降低企业整体税负水平的问题。我国实施法人企业所得税制改革的一个重要原因，是用法人条件限制企业利用适用优惠税率的分公司转移利润，减轻整体税负的行为。《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》第十六条，对《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》相应部分进行了修正，将总机构和分支机构处于不同税率地区的，由分别计算应纳所得税额、应纳税额，分别按适用税率缴纳，修正为先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。这两种表述的本质区别在于后者限制了分支机构利用自身在低税率地区，转移处于高税率地区总机构的利润，减轻企业整体税负，达到避税目的的可能性。但是，这种修正实际上仍未彻底摒除企业利用分支机构优惠税率避税的可能性。由于采用以二级分支机构为单位计算应纳税额，三级及以下分支机构的经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构的计税方法，那些二级分支机构处于税收优惠地区而三级机构不应享受优惠税率的企业，应纳税额将大幅减少。这种税收征管漏洞的存在会导致企业扭曲自身组织结构，以达到避税的目的。
（2）二级分支机构认定标准模糊。《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》第三十一条规定，总机构应在6月20日前将各分支机构当年应分摊税款的比例填入《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》，报送总机构所在地主管税务机关，同时下发各分支机构。那么，对二级分支机构的判定标准就成为税企双方关注的焦点。现对于企业分支机构层级的判定，没有十分明晰的规定，没有统一标准和监管措施，这将加大企业避税的可能性。而第1年所确定的企业分支机构纳税体系，将对以后年度企业信息的真实性，产生重要的参考作用。制定科学的判定标准和可执行的监管措施已成为当务之急。
（3）特殊行业分支机构按三因素就地预缴企业所得税不尽合理。从了解的情况看，生产企业实行分支机构按三因素就地预缴税款企业所得税的办法，各地没有太多的异议，但对建筑、房地产等特殊行业，按照经营收入、工资总额和资产的权重就地预缴企业所得税，多认为不妥。建筑业、房地产业资产少、流动性强、周期短，很多注册为分支机构的单位，其实质是借用总机构的资质，向总机构缴纳管理费，总机构账面体现的是管理费收入，当地税务机关对其无法监控，总机构再按三因素向分支机构分摊应纳所得税额，显然不合理。
（4）分支机构法律责任无法界定。新《企业所得税法》将法人界定为纳税人，分支机构不构成纳税人。而《税收征管法》的行政处罚条款只针对纳税人，因而对分支机构出现不按期申报预缴税款等税收违法行为，税务机关缺乏相关的处罚依据。
（5）存在加盟店、挂靠单位等特殊分支机构的监管真空。实际生活中，有一些分支机构虽然是非法人分支机构，但往往只是挂靠总机构或者为取得总机构的某类行业资质，向总机构支付一定的管理费用，经营管理是完全独立的。如果总机构在内部管理时并不把此类分支机构纳入，且按三因素分摊税款时也不将此类分支机构纳入分配范围，那么此类分支机构就处于无人监管的状态。
