我国的企业所得税管理权和收入层次，以2002年企业所得税收入分享体制改革为界线，分为前、后两种情况。改革前，国税系统征收中央各部门、各总公司、各行业协会、总会、社团组织、基金会所属企事业单位的所得税，金融保险企业所得税，军队所办的国有企业所得税；地税系统征收地方各级国有企业事业单位企业所得税、集体企业所得税、私营企业所得税。改革后，2001年12月1日前企业所得税的原征管机关不作变动，自2002年1月1日起新登记设立企业的企业所得税由国税系统征收；除少数特殊行业外，其他企业所得税由中央与地方按比例分成，中央保证各地区达到2001年地方实际的企业所得税收入基数，实施增量分成。新《企业所得税法》实施，对国税和地税系统税源划分、中央和地方以及各地方之间企业所得税实际分享收入，必然产生重大影响。由此带来的两套征管系统和地区之间利益博弈的问题不可避免，而跨地区总分机构的企业所得税收入归属和征管权划分则是问题的焦点。
实行法人单位汇总纳税后，在原有国税、地税系统征管管辖权不易界定清楚的问题上，又增加了总机构与分支机构主管税务机关不一致的新问题。
（1）总机构主管税务机关对各分支机构情况的了解不一定全面，在这种情况下所作出的决定，难免与真实情况不符，进而引发总机构、分支机构主管税务机关之间的矛盾。
（2）分支机构涉税事项等均由总机构税务机关决定，在收入任务、管理事项等相关责权利不匹配的情况下，分支机构主管税务机关失去管理的积极性。
（3）分支机构主管税务机关无法对收入作出预测。实行《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》后，分支机构预缴的企业所得税由总机构统一计算和分摊。分支机构所在地主管税务机关对分支机构企业所得税收入、税收负担、征管质量等都无法考核，因而无法预测今后每年的收入计划数。
（4）税务机关对总分机构的情况难以全面了解，税务检查（稽查）的难度加大。由于总分机构大多是跨地区经营、分属不同税务机关管理，因此，总分机构的主管税务机关无法对其经营情况进行直接、全面、有效的检查（稽查）。实行法人汇总纳税，客观上要求总分机构主管税务机关加强信息沟通，但由于国税、地税系统征管信息不在一个平台上，目前很难做到。
（5）对总分机构情况缺乏事前监控。若总分机构不如实提供机构管理情况，可依照《税收征管法》关于“不如实提供税务资料”的有关规定，对其给予处罚。但这仅是事后的一种补救和惩戒措施，在事前没有行之有效的监控办法。
另外，新收入分配方式实施后，各级政府对总分机构高度关注。新《企业所得税法》的实施激发了地方政府发展总部经济的热情。地方政府采取各种措施对辖区内的分支机构施加影响，以促其转变成法人单位。这样做的后果是干预纳税人的正常经营活动，引发国税、地税机关的征收管辖权争议。
二、应纳税所得额计算中存在的问题
1．不征税收入扣除问题。
不同于原企业所得税法对收入仅有一个收入总额概念，新《企业所得税法》明确提出了应税收入、不征税收入、免税收入概念。其中，不征税收入是指从性质和根源上不属于企业营利性活动带来的经济利益，从税收原理上应永久不被列入征税范围，主要包括财政拨款和依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金。
