《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）中规定，房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。具体核定方法由省级税务机关确定。
根据北京市地税局2007年出台的文件规定，税务机关可以对住宅类项目四项成本（前期工程费，建筑安装费，基础设施费，开发间接费）进行核定，其标准为：高层商品住宅（7层以上）每平方米2263元，多层商品住宅（7层及以下）每平方米1560元。而对于商业、写字楼、别墅等项目的扣除标准，文件中并没有进行规定。随着北京市CBD等各个商业中心的落成，商业、写字楼等项目预缴的税款已经在土地增值税预缴税款中占有相当高的比例。目前已进入清算阶段项目的清算报告显示，一些商业、写字楼项目其四项成本合计可达到1万元甚至更高，认可该成本进行核算，结果造成项目增值额很低，缴纳税款较少。
从逻辑上判断，房地产开发项目虽然自身情况差别很大，但其项目的利润率在相同时期应该保持在一个范围之内，如果项目利润率过低，考虑到2006年～2008年房地产行业红火的市场行情，就有很大疑点。但中介公司在出具清算报告时，都会按照票据进行扣除成本核算，因此在清算报告审核环节，审核人员通过对清算报告中项目的销售收入与工程成本对比，经常会发现项目清算可能存在四项成本过高的疑点，但由于企业提供了完整票据，审核人员在清算审核阶段无法找到依据对疑点进行论证。从税款征收的角度分析，目前众多房地产项目均由项目公司进行开发，项目清算完成后，公司就会办理注销手续，因此如果在清算审核的征管环节无法进行把关，其最终结果就会造成项目税款流失。另外，即便对于住宅类项目，由于其类别本身差别很大，而文件只给出了两档核定标准，造成税务机关在审核清算报告时对于该文件很难执行。
二、普通住宅标准判定问题
《财政部、国家税务总局关于土地增值税普通标准住宅有关政策的通知》（财税〔2006〕141号）规定，“普通标准住宅”的认定，可在各省、自治区、直辖市人民政府根据《国务院办公厅转发建设部等部门关于做好稳定住房价格工作意见的通知》制定的“普通住房标准”的范围内从严掌握。《土地增值税暂行条例》中规定了纳税人建造普通住宅出售，增值额未超过20%的，免缴土地增值税。
北京市普通住宅的判定标准近几年来经过数次调整，最初以120平方米为基准，2005年更改为以北京市建委公布的普通住宅标准执行（根据容积率、建筑面积、平均交易价格三个因素综合判定），标准中的平均交易价格从2005年至今北京市建委共调整过3次。以北京市朝阳区团结湖一带平均交易价格为例：2005年标准为8040元/平方米，2006年为9289元/平方米，2008年最新调整为175万元/套。由此可见，普通住宅的平均交易价格调整逐年提高，尤其以2008年调整幅度最大。但各类文件中均没有明确判定普通住宅的时点是以提出清算时点时间、全部销售收入实现的完成时间，或者售房率达到85%的时间为基准。企业从项目开始销售到进行清算，一般要经历1年～2年时间，而有些项目受客观因素影响可能要经过更长周期才能进行清算。另外，从税收政策执行的角度讲，是否放宽普通住宅判定的时间标准，按清算时标准执行，让更多企业享受税收优惠，有待明确。
