（2）将普通住宅和商铺分为两个清算单位计算土地增值税（按面积分摊成本费用）：普通标准住宅扣除项目为＝120×5000÷6000＋600×5000÷6000＋（100＋500）×30%＋27.5＝807.5（万元）。增值额＝500－807.5＝－307.5（万元），无增值额不纳税。
商业扣除项目＝120×1000÷6000＋600×1000÷6000＋（20＋100）×30%＋27.5＝183.5（万元）；增值额＝500－183.5＝316.5（万元）；增值率＝316.5÷183.5×100%＝172%，适用50%的税率；商业项目应纳土地增值税＝316.5×50%－183.5×15%＝130.725（万元）。
计算结果可知，将商铺和住宅合并计算土地增值税为2.7万元，分开计算则应纳税130多万元。在实践中，对于同一个开发项目中有不同类型房地产的，有的税务机关允许纳税人自行选择是否分开核算分别清算缴纳增值税。但新文件第十七条规定，清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。
也就是说，纳税人不能将不同类型房地产、分期开发的项目和不同审批备案的项目合在一起清算，避免平均不同清算单位增值额的现象。
解决了扣除项目的五个模糊点
（1）计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除，且扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。这一点与房地产企业所得税中对有些成本费用可以预提扣除的规定不同。
（2）拆迁补偿费不一定需要取得税务发票，但强调是否实际发生，尤其是支付给个人的拆迁补偿款、拆迁（回迁）合同和签收花名册或签收凭证是否一一对应。
（3）要求正确区分开发成本和开发费用。由于计算土地增值税扣除项目时，开发成本可以加计20%扣除，所以，有的纳税人希望加大开发成本，可能将在期间费用中列支的开发费用也计入前期工程费、基础设施费或开发间接费用，以扩大扣除金额，少计算增值额从而少纳税。因此，税务机关不允许将开发费用计入开发成本中的前期工程费、基础设施费和开发间接费用等。
（4）采取以建筑发票控制建筑安装成本。根据营业税法规定建筑业劳务在施工地纳税原则，要求开发企业取得的建筑安装发票在项目所在地税务机关开具，便于控制虚假的支出。同时审核建筑安装工程费发生的费用是否与决算报告、审计报告、工程结算报告、工程施工合同记载的内容相符；开发企业采用自营方式自行施工建设的，关注有无虚列、多列施工人工费、材料费、机械使用费等情况。
（5）将利息支出从房地产开发成本中调整至开发费用。按照会计制度规定和企业所得税法规定，企业借款利息支出，在开发产品完工之前，应该实行资本化处理计入开发产品成本。但土地增值税法规定，利息费用要单独计算，不计入开发成本，更不得计入加计扣除基数。
