5月12日，国家税务总局下发了《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号），这是国家税务总局在原来下发的《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）和《土地增值税清算业务准则》（国税发〔2007〕132号）基础上，总结完善的最新的清算政策，新政策从2009年6月1日起施行。笔者认为，纳税人应该关注以下几个方面。
清算前管理力度加大
一是实施项目管理。主管税务机关将从纳税人取得土地使用权开始，按项目分别建立档案、设置台账，对纳税人项目立项、规划设计、施工、预售、竣工验收、工程结算、项目清盘等房地产开发全过程情况实行跟踪监控，做到税务管理与纳税人项目开发同步。二是关注会计核算。纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，税务机关将督促纳税人根据清算要求按不同期间和不同项目合理归集有关收入、成本、费用。三是实施专用票据。纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，主管税务机关可结合发票管理规定，对纳税人实施项目专用票据管理措施。也就是说，税务机关可以根据不同的开发项目，实行专用预售票据和专用销售票据。
清算分为“自行清算”和“要求清算”两种
对于自行清算的，纳税人必须按照规定的时间和要求主动清算；对于要求清算的，纳税人应在收到税务机关书面通知的情况下，再按规定清算，也可以理解为不通知不清算。纳税人符合下列条件之一的，要自行进行土地增值税的清算：（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（3）直接转让土地使用权的。
对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：（1）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；（2）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；（3）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的（应在办理注销登记前进行土地增值税清算）；（4）省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。
无论是自行清算还是要求清算，纳税人应当在满足条件之日起90日内或在收到清算通知之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。主管税务机关受理纳税人清算资料后，应在一定期限内及时组织清算审核。清算审核结束，税务机关应当将审核结果书面通知纳税人，并确定办理补、退税期限。
明确规定项目清算单位
以什么为清算单位是涉及税收负担大小的关键。如果将增值额较大的清算单位和较小的合并清算，则可以降低税负；如果分开清算，则增值额较大的开发项目纳税多，总的纳税负担会增加。税法还规定，普通标准住宅增值额不超过20%的，可以享受免税优惠，但要求分开核算，否则不能免税。
举例：某房地产开发公司开发商住混合楼项目，商业项目面积1000平方米，普通标准住宅面积为5000平方米，合计6000平方米。该混合楼项目土地成本为120万元，房屋开发成本600万元，其他费用按比例扣除。假如该商业项目收入为500万元，普通标准住宅收入为500万元，合计1000万元。营业税金及附加55万元。
（1）商铺和住宅合并一个单位计算土地增值税：扣除项目＝土地成本＋房屋开发成本＋费用扣除10%＋加计扣除20%＋税金＝120＋600＋（120＋600）×10%＋（120＋600）×20%＋55＝991（万元）。
