合同签订阶段。工程施工合同是承包人与发包人之间为完成商定的建设工程项目，确定双方权利和义务的协议。它是工程建设质量、进度、投资的主要依据，在市场经济条件下，甲乙双方之间相互的权利义务关系主要通过合同确定。合同审查的重点是：合同主体是否合法；内容是否符合国家法律、法规；形式是否符合该工程特点；文字表达是否准确；合同条款是否完整。特别是投标时不考虑，而在结算时需调整的项目：如赶工措施费、优质工程奖等如何计取；在履约过程中出现的变更、签证等如何处理；如何界定违约及相应的法律责任等。另外，还应特别注意的是合同文件与招标文件、投标文件三者之间的统一，避免产生矛盾。
施工阶段。施工阶段是项目投资的实施阶段，加强对施工阶段的审计对降低投资具有重大的意义。施工阶段审计重点环节有：设备材料采购和使用、工程资金使用、工程施工执行情况、工程质量与验收、工程变更和工程签证、工程索赔。
决算审核阶段。工程结算是工程投资的汇总，也是单位工程造价的最终确定。工程结算的方式应与合同约定相一致。审核前，首先要熟悉合同和投标文件，弄清招标范围，明确哪些内容可调整，哪些内容不可调整，对于可调整的部分，再根据现场有关资料，审核工作量计算是否准确，与现行有关规定有无冲突，定额套用是否正确，有没有高会重算，材料价格是否符合合同约定，费用计取与有关规定是否一致，让利是否满足合同约定等。审计过程中，审计人员要与甲方、乙方、监理多沟通，以事实为依据，以法律为准绳，既要客观公正、坚持原则，也要注意工作方法，最大限度的使工程造价得到准确反映。审计结果在得到甲乙双方共同确认后，审计人员出具审计结果通知书，审计结果通知书中除了写明审计结果、核减(增)额，还应把一些特殊事项交代清楚。
(三)跟踪审计的事后控制工程审计结束后，必须及时将审计工作底稿、招标文件、投标文件、中标通知书、施工合同及附件、现场变更及签证纪录、审计结果通知书等资料整理登记归档，并对审计数据资料进行信息化处理，建立审计项目档案。档案资料必须真实完整，不得有遗漏，做到一事一档，事完档成。
三、建设项目跟踪审计注意的问题
(一)跟踪审计工作的定位作为工程项目建设中的一方，跟踪审计人员在建设过程中一定要正确扮演自己的角色。务必保持审计独立性，处理好监督与服务的关系。在开展跟踪审计过程中防止两种倾向：一是越俎代庖，大包大揽。应正确处理好与基建管理、财务等相关部门的协调配合关系，明确各自职责和权限。保持审计的客观性、独立性、公正性，避免审计风险的发生。二是将跟踪审计工作等同于传统的事后审计，将工程造价审计工作与工程建设的其他工作隔离开，只关注工程造价，不能动态地监督全寿命过程各阶段运作是否正常，也不能为工程建设提供合理、有效的审计建议。因此，审计工作一定要定位准确。
(二)提高跟踪审计人员的业务素质传统审计工作重点放在事后对数据和文字资料的审核上，审计人员很少深入施工现场，不了解新工艺和新材料而可能会导致审计结果失真。再加上部分审计人员对全过程跟踪审计理论和方法缺乏了解，思想还停留在传统审计模式，从而使跟踪审计工作流于形式。因此，要高效地开展跟踪审计工作，首先要提升审计人员的政治素质，强化审计人员的责任心和敬业精神，树立崇高的工作责任感和职业道德；其次，改进工作方法，完善审计制度，让审计人员充分了解建设工程全过程造价管理的理论，制定出工程项目全过程跟踪审计制度和实施细则，保证跟踪审计有效实施；最后，提高审计人员的专业水平，注重审计人员综合能力的培养，以提高全过程跟踪审计工作质量。
(三)制定切实可行的审计方案由于建设项目具有独特性、复杂性和多样性的特点，是一次性非重复性工作。因此，跟踪审计方案必须与工程项目相适应，切忌生搬硬套，否则非但不能起到指导性作用，反而让被审单位认为跟踪审计只是走走过场，搞形式主义，降低了审计的权威性。因此应从实际出发，根据不同项目特征、不同施工方案，有针对性地制定跟踪审计方案，使审计方案切实可行，真正对审计工作具有指导作用。
(四)设置审计查证作业关键控制点 根据建设项目全过程造价管理理论，工程造价的形成与建设项目全寿命周期内的各个阶段都密切相关。因此开展跟踪审计时，应当以建设工程造价控制为主线，对建设工程全寿命过程实时跟踪。为了保证跟踪审计质量，应对建设工程全寿命过程中对工程投资有较大影响的环节予以重点关注，在实施审计时，可在设计、招投标、签订合同、设备材料采购、工程施工、竣工验收、变更签证、索赔和竣工决算环节设置审计工作关键控制点，制订各环节跟踪审计细则，确保建设项目投资得到有效控制。
管理审计是现代审计的一个重要标志，工程审计应当实现从传统审计向管理审计的延伸，将事后审计变为事前、事中和事后的全过程跟踪审计，按照全方位、全过程的审计要求，做到关口前移、全程监控，在全面全过程的审计中找准工程建设中的薄弱环节，以规范工程建设行为，提高工程建设管理水平，促使工期、质量、功能和投资最佳化，争取最佳投资效果。
