《企业会计准则》和《企业财务通则》规定，对职工福利费取消了原制度按工资总额14%提取的规定，将实际发生的福利费用列入“职工薪酬”的范围。企业可以根据实际情况采用先提取后使用的方法，但提取比例由企业根据自身实际情况合理确定。年末，如果当年提取的福利费大于支用数的，应予冲回，反之应当补提，同时修订次年度福利费的提取比例；也可以按福利费实际发生额据实列支。会计处理上，取消了原来的“应付福利费”一级科目，增设“应付职工薪酬——职工福利”科目核算职工福利费。发生的福利费按照计算对象列入相关成本、费用科目。对企业按规定缴纳的基本医疗保险和补充医疗保险费以及实际支付给员工的医疗费用作为职工福利费处理。另据《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》（财企[2009]242号）文规定：对中央企业以及事业单位缴纳的基本医疗保险和补充医疗保险费不再纳入职工福利费管理，而纳入工资总额。即从2009年12月起，对中央企业以及事业单位实行医疗统筹企业的医疗保险费应当在“应付职工薪酬——工资薪金”科目核算。对中央企业以及事业单位未实行医疗统筹企业的医疗保险费仍然应当在“应付职工薪酬——职工福利”科目核算。
医疗费用在企业所得税的税前扣除上，应区分不同情况分别处理。
一、职工基本医疗保险费的税前扣除
根据《企业所得税法实施条例》第三十五条规定：“企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本医疗保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费准予扣除。并且对企业按规定缴纳的医疗保险、补充医疗保险均不挤占福利费14%的指标，而应当按规定直接税前扣除。而对超过规定标准缴纳的社会保险，既不允许直接在税前扣除，也不允许作为福利费14%的基数计算扣除。
在会计处理上，《企业财务通则》第四十三条规定：”企业应当依法为职工支付基本医疗、基本养老、失业、工伤等社会保险费，所需费用直接作为成本（费用）列支。已参加基本医疗、基本养老保险的企业，具有持续盈利能力和支付能力的，可以为职工建立补充医疗保险和补充养老保险，所需费用按照省级以上人民政府规定的比例从成本（费用）中提取。超出规定比例的部分，由职工个人负担。“
对中央企业以及事业单位实行医疗统筹企业的医疗保险费应当在”应付职工薪酬——工资薪金“科目核算，但并不是说中央企业及事业单位按规定缴纳的基本医疗保险及补充养老保险可以按工资薪金进行税前扣除。财企[2009]242号文明确规定，在计算应纳税所得额时，企业职工福利费财务管理同税收法律、行政法规的规定不一致的，应依照税收法律、行政法规的规定计算纳税。
二、职工补充医疗保险费的税前扣除
《企业所得税法实施条例》规定，企业依照国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准缴纳的补充医疗保险费允许税前扣除，超过范围未和标准的不允许税前扣除。而《财政部国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）文规定，自2008年1月1日起，企业在为本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充医疗保险费，在不超过职工工资总额5%标准内的部分允许税前扣除。
三、未参加社会统筹等其他情况医疗费用的税前扣除
根据国税总局《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）文规定：职工福利费用的支付范围包括”企业向职工发放的因公外地就医费用、未宴行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等。“所以，对未实行医疗统筹企业所发生的医疗费、企业向职工发放的因公外地就医费用以及职工供养的直系亲属医疗补贴，属于职工福利费用范围中的一部分。对职工福利费用的总支出在工资总额14%的部分允许税前扣除，对超过工资总额14%的部分不允许税前扣除。
对于企业参加医疗统筹后，另外支付给在岗的、已参加医疗统筹人员的医疗费用不允许税前扣除。
四、离退休人员统筹外医疗费用的税前扣除
根据《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》（财企[2009]242号）文规定，离退休人员统筹外费用纳入企业职工福利费开支范围。另外，根据《财政部关于企业重组有关职工安置费用财务管理问题的通知》，按规定从重组前企业净资产中预提离退休人员统筹外费用，由重组后企业承担人员管理责任的，重组后企业发放或支付的离退休人员统筹外费用，从预提费用中直接核销，不作为企业职工福利费；企业实行分立式重组，将离退休人员移交存续企业或者上级集团公司集中管理，并将按规定预提的统筹外费用以货币资金形式支付给管理单位的，管理单位发放或支付的离退休人员统筹外费用，从专户中列支，也不作为管理单位的职工福利费；企业在《财政部关于企业重组有关职工安置费用财务管理问题的通知》实施前完成重组，重组后企业将离退休人员移交上级集团公司集中管理，但当时未预提并划转相应资金的，重组后企业定期向上级集团公司缴纳费用，应当纳入职工福利费；上级集团公司代为支付的离退休人员统筹外费用，不纳入上级集团公司职工福利费。
