（一）审核工程量清单和招标控制价
工程量清单是编制招标工程标底、投标计价和工程结算时调整工程量的依据，是整个项目造价控制的核心内容。为了提高工程量清单的准确性，跟踪审计实行工程量清单审核制。项目组采用两次三级复核等质量控制措施对管理部门提交的工程量清单进行全面审核。以工程训练中心为例：审核清单特征描述是否全面准确时调整特征描述22处；审核工程量计算是否准确时调整工程量31处；审核分部分项设置是否合理时调整5处等等。经后期工程建设管理环节相关业务的验证，南通大学工程量清单的准确性较高。在审核四期建设项目招标控制价时，核减招标控制价396，16万元。
（二）审查中标单位商务标
根据国家相关规定，建设一翻到召评标工作在南通市招标办进行，学校对评标过程、评标质量存在不可控性。项目组开展商务标审查、分析，发现个别中标单位的商务标漏洞较多。如对三大耗材用量的调整：有意把耗材数量少报，把少报部分的价款调整到其他项目中，保持价格文件中工程项目定额直接费及投标报价不变或稍略改变，而不影响竞标力；在价格文件中有意将材料价差大、标准高的项目的工程量调增，将其他项日费用下调，保持总价基本不变，中标后，调补材料价差，调增的那部分工程摄的材料价差变成了纯利润。跟踪审计通过审核分析商务标，一方面防患于未然，将商务标中发现的问题通过合同进行约定，减少后期工程管理、结算出现扯皮、纠纷等现象；另一方面，对商务标中施工单位以类似运用不平衡报价策略技巧所涉及的子日进行整理，并提交给基建管理部门，以便在设计变更、现场签证管理环节中加强控制，使学校招标阶段应得的效益最大化实现。
（三）审核工程签证
工程签证是施工过程中工程变更的记录，是结算审计的依据，由于施工过程的复杂和众多的人为因素造成了现场签证的漏洞很多，如：施工单位在签证上巧立名目，以少报多，遇到问题不及时办理，结算时搞突击，造成双方扯皮等等。为了堵塞漏洞，跟踪审计实行签证审核制。在审查签证程序合规性的基础上重点审核签证内容的真实性、数量的准确性、价格和原因的合理性。此项工作对于后期结算审计过程中工程量的调整和造价的控制起到至关重要的作用。
（四）审核材料价格
南通大学工程建设管理过程中招标时的暂定价材料和设备比较多，特别是安装工程和装饰装修工程部份，如配电箱、开关、灯具、消防报警设备、电缆桥架、洁具、面砖等等。跟踪审计项目组在审查其计划、采购、验收、付款各环节合规性的基础上，重点审核其价格的合理性。项目组建立了南通大学新校区工程材料设备数据库，同时还补充了造价咨询事务所审核同类工程的相关材料设备信息，作为审核材料设备价格合理性的参考标准。采用比较法、市场询价法、成本分析等方法把好材料设备价格关。
（五）审核工程竣工结算
工程竣工结算是控制工程造价的最后一关。南通大学实行“先审计、后结算”制度，以竣工结算审计结果作为施工单位与学校之间的结算依据。项目组制定结算的审核方案，规范送审程序，引导施工单位如实编制结算，针对常见问题列出重点。在跟踪审计过程中，项目组已经采取了合同审签制、变更审签制、材料价格审签制、隐蔽工程验收审签制等措施对关键环节进行了控制，竣工结算无论是技术上、还是程序上都相对成熟和完善。
（六）审计工程项目财务决算
建设项目财务决算审计是对工程建设“工期、质量、造价”三大控制目标的实现情况进行确认，对建设项目的真实性、完整性、合法性进行审查，确保交付使用财产的完整、真实。审计部门抽调财务审计人员组成工程项目财务决算审计组。重点审查竣工决算的编制是否符合规定、资料是否齐全、手续是否完备；建设内容与批复的概算投资是否相符（跟踪过程中进行了概算、预算控制）；审查结余资金、库存物资、债权债务是否真实；审查交付使用财产是否真实、与明细表是否一致、有无重报、瞒报、漏报、虚报。竣工决算审计既可以利用事前、事中及竣工结算审计结果，也可以进行独立审计。
