交通运输企业实行机构所在地纳税政策，即不论在哪里承揽业务，都要在机构所在地纳税，这给交通运输企业提供了一定的筹划空间。本文对交通运输企业可以利用的税收优惠政策进行了梳理。
根据2007年海关总署公布的《海关保税港区管理暂行办法》的解释，保税港区是指经国务院批准，设立在国家对外开放的口岸港区和与之相连的特定区域内，具有口岸、物流、加工等功能的海关特殊监管区域。保税港区内可以开展下列业务：保税港区的存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物，对外贸易，包括国际转口贸易，国际采购、分销和配送，国际中转，检测和售后服务维修，商品展示，研发、加工、制造，港口作业，经海关批准的其他业务。
保税港区按照海关“一线放开、二线管住、区内自由、入港退税”的监管原则，实行全域封闭化、信息化、集约化的监管，并且做到进口货物入港保税、出口货物入港退税。由于保税港区优惠政策多，目前，全国很多港口都升级成为保税港区。截至2008年底，全国已经批复的保税港区有（上海）洋山保税港区等12个，已提出申请保税港区的港口城市有丹东、营口、锦州等32个城市。
保税港区享有的税收优惠政策主要涉及营业税、企业所得税、关税与进口环节税、出口退（免）税等。
营业税优惠
《营业税暂行条例》第十四条规定，纳税人提供应税劳务应当向其机构所在地或者居住地的主管税务机关申报纳税。但是，纳税人提供的建筑业劳务以及国务院财政、税务主管部门规定的其他应税劳务，应当向应税劳务发生地的主管税务机关申报纳税。从该规定可以看出，交通运输企业营业税纳税地点是其机构所在地或者居住地，不是劳务发生地，不管在哪里发生了运输劳务，都在其机构所在地或者居住地纳税。这就给交通运输企业提供了一个筹划思路，即哪里有营业税免税政策，就去哪里注册。
财政部、国家税务总局《关于上海建设国际金融和国际航运中心营业税政策的通知》（财税[2009]91号）规定，从2009年5月1日起，对注册在（上海）洋山保税港区内的纳税人从事海上国际航运业务、货物运输、仓储装卸、搬运业务取得的收入免征营业税。由于（上海）洋山保税港区最早出台海上国际航运业务、货物运输免征营业税政策，因此出现大量航运公司搬迁至（上海）洋山保税港区的现象。例如，广州市航运巨头中远航运股份公司就在（上海）洋山保税港区设立了全资子公司。在这种情况下，其他港区面临着很大的压力。为此，财政部、国家税务总局下发《关于国际运输劳务免征营业税的通知》（财税[2010]8号），规定自2010年1月1日起，对中华人民共和国境内单位或者个人提供的国际运输劳务免征营业税。国际运输劳务是指：1.在境内载运旅客或者货物出境。2.在境外载运旅客或者货物入境。3.在境外发生载运旅客或者货物的行为。2010年1月1日至文到之日已征的应予免征的营业税税额，在纳税人以后的应纳营业税税额中抵减或者予以退税。财税[2010]8号文件出台后，全国港区的营业税政策基本一致。
企业所得税优惠
由于全国港区的营业税政策已经基本一致，目前，一些保税港区出于招商引资的需要，出台了企业所得税返还政策。因此，哪里的企业所得税返还多，交通运输企业就会搬迁到哪里。
企业需要注意的是，虽然财政部、国家税务总局《关于执行〈企业会计准则〉有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2007]80号）规定，企业按照国务院财政、税务主管部门有关文件规定，实际收到具有专门用途的先征后返所得税税款，按照会计准则规定应计入取得当期的利润总额，暂不计入取得当期的应纳税所得额。但该文件是在旧税法体系下产生的，《企业所得税法》颁布后，该条款是否适用还有待明确。此外，财政部、国家税务总局《关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2009]87号）规定，符合条件的企业所得税返还，可以作为不征税收入。
交通运输业享受税收优惠的注意事项
1.对税收优惠要件进行规范。包括对实际主营项目是否为交通运输行业，是否有交通运输工具，是否为新办交通运输企业等。
2.对开具发票的真实性进行规范。主要集中在对发票真实性的检查上，即是否存在真实的客户、与运费相关的报价是否合理等。
3.对企业是否存在避税行为进行规范。比如注意企业是否存在转移利润、取得关联企业过高的运费或占用关联企业资源不支付运费的情况。
与海路运输企业轰轰烈烈搬迁到以上海洋山港为首的保税港区不同，陆路运输企业搬迁到西部地区，目前还没有形成潮流。
