案例：某（自开票纳税人）运输公司2003年5月份取得取得货运收入58000元（其中含1%的保险费用），其中付给其他联营运输公司运费18000元，请计算该公司5月份应纳营业税税额。该公司当月应纳营业税额=（58000-18000）×3%=1200（元）
2、代理业计税依据
纳税人从事货物运输代理业务，其营业额为其向客户收取的全部价款和价外费用扣除支付给其他单位的港口费用、运输费、保管费、出入境检疫费、熏蒸费、仓储费、装卸费及其他代理费用。上述所称“其他代理费用”是指：支付给海空陆港的港口建设费、铁路建设基金；支付给海关的报关费；支付的集装箱费用（包括堆存费、提箱费、装箱费、拆箱费、洗箱费）；支付的货物保险费；支付给运输代理单位的代理费；经省地方税务局确认的其他费用。
国税发[2000]139号规定，对航空运输企业从事包机业务向包机公司收取的包机费，按“交通运输业”税目征收营业税；对包机公司向旅客或货主收取的运营收入，应按“服务业-代理业”项目征收营业税，其营业额为向旅客或货主收取的全部价款和价外费用减除支付给航空运输企业的包机费后的余额。
国税函[2006]1312号规定，无船承运业务应按照“服务业-代理业”税目征收营业税。纳税人从事无船承运业务，以其向委托人收取的全部价款和价外费用扣除其支付的海运费以及报关、港杂、装卸费用后的余额为计税营业额申报缴纳营业税。
3、仓储业计税依据
对试点物流企业开展物流业务营业税征税问题，国税发[2005]208号规定，自2006年1月1日起，试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。
三、物流业扣除凭证
1、交通运输业扣除凭证
《国家税务总局关于新版公路、内河货物运输业统一发票有关使用问题的通知》（国税发[2007]101号）规定，运输单位（或个人）从事公路、内河货物运输业务的，应以收取的全部价款向付款人开具货运发票，合作运输单位（或个人）以向运输单位（或个人）收取的全部价款向该运输单位（或个人）开具货运发票，运输单位（或个人）应以合作运输单位（或个人）向其开具的货运发票作为差额缴纳营业税的扣除凭证。
2、代理业扣除凭证
纳税人从事无船承运业务，应按照其从事无船承运业务取得的全部价款和价外费用向委托人开具发票，同时应凭其取得的开具给本纳税人的发票或其他合法有效凭证作为差额缴纳营业税的扣除凭证。
3、仓储业扣除凭证
国税发[2005]208号对营业额减除项目凭证管理问题提出了要求：营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或经税务机关认可的合法有效凭证；支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证，或外方公司的签收单据、出具的公证证明。
