和其他资格认定一样，申请享受免税资格的非营利组织必须提供相关材料，并分别按批准设立级次向相同级次主管税务机关进行免税资格的申请（复审申请）。在提供资料方面，《认定通知》规定，申请享受免税资格的非营利组织需报送8种材料，即：申请报告；事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位的组织章程或宗教活动场所的管理制度；税务登记证复印件；非营利组织登记证复印件；申请前年度的资金来源及使用情况、公益活动和非营利活动的明细情况；具有资质的中介机构鉴证的申请前会计年度的财务报表和审计报告；登记管理机关出具的事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位申请前年度的年度检查结论；财政、税务部门要求提供的其他材料。
在申请机关和资格有效期方面，《认定通知》也进行了明确。其中，经省级（含省级）以上登记管理机关批准设立或登记的非营利组织，应向其所在地省级税务主管机关提出免税资格申请（复审申请）；经市（地）级或县级登记管理机关批准设立或登记的非营利组织，分别向其所在地市（地）级或县级税务主管机关提出免税资格申请（复审申请）。特别要注意的是，非营利组织免税优惠资格的有效期为5年。非营利组织应在期满前3个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其享受免税优惠的资格到期自动失效。同时，为使政策真正落实，《认定通知》要求财政、税务部门按照上述管理权限，对非营利组织享受免税的资格联合进行审核确认并定期予以公布。
四、非营利组织要按期进行纳税申报
有不少人认为，既然是非营利组织享受免税资格，那它应当不用办理税务登记和进行纳税申报，这种认识是错误的。《认定通知》规定，非营利组织必须按照《税收征收管理法》及《税收征收管理法实施细则》等有关规定，办理税务登记，按期进行纳税申报。取得免税资格的非营利组织应按照规定向主管税务机关办理免税手续，免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告；不再符合免税条件的，应当依法履行纳税义务；未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。而且，非营利组织享受免税优惠按税收管理体制经有权法定机关批准后方可获得；减、免税未经批准前，纳税人应当照常依法履行纳税义务。虚构事实，骗取减、免税的，将被追回获得的减、免税。取得免税资格的非营利组织注销时，剩余财产处置违反规定的，主管税务机关应追缴其应纳企业所得税款。
同时，《认定通知》要求主管税务机关应根据非营利组织报送的纳税申报表及有关资料进行审查，当年符合《企业所得税法》及其实施条例和有关规定免税条件的收入，免予征收企业所得税；不符合的收入，照章征收企业所得税。主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现非营利组织不再具备本通知规定的免税条件的，应及时报告核准该非营利组织免税资格的财政、税务部门，由其进行复核。核准非营利组织免税资格的财政、税务部门根据本通知规定的管理权限，对非营利组织的免税优惠资格进行复核，复核不合格的，取消其免税优惠的资格。
五、六种情形下将被取消免税资格
符合条件的非营利组织的免税优惠资格在不违反税收政策规定的前提下才能享受和取得。《认定通知》明确，已认定的享受免税优惠政策的非营利组织有下述6种情况之一的将取消其资格：一是事业单位、社会团体、基金会及民办非企业单位逾期未参加年检或年度检查结论为“不合格”的；二是在申请认定过程中提供虚假信息的；三是有逃避缴纳税款或帮助他人逃避缴纳税款行为的；四是通过关联交易或非关联交易和服务活动，变相转移、隐匿、分配该组织财产的；五是因违反《税收征收管理法》及其实施细则而受到税务机关处罚的；六是受到登记管理机关处罚的。
此外，《认定通知》对被取消免税资格后重新申请期限进行了严格限定：因逾期未参加年检或年度检查结论为“不合格”的被取消免税优惠资格的非营利组织，财政、税务部门在一年内不再受理该组织的认定申请；因其他情形被取消免税优惠资格的非营利组织，财政、税务部门在五年内不再受理该组织的认定申请。
