新《企业所得税法》规定非营利性组织的营利性收入应纳入应税范畴，但却并未对非营利性收入（比如会费、捐赠收入）进行明确规定。《企业所得税法实施条例》则要求非营利性组织的界定由财政部、民政部、国家税务总局根据非营利组织认定管理办法共同认定。2009年11月19日，财政部和国家税务总局联合下发《关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税[2009]123号，以下简称《认定通知》）和《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税[2009]122号，以下简称《免收通知》），分别就非营利机构的认定条件和免税范围进行了明确，相关政策从2008年1月1日起执行。
一、非营利组织五类收入为免税收入
新《企业所得税法》新增了对非营利组织的优惠，规定符合条件的非营利组织的收入免征企业所得税。此次发布的《免收通知》则进一步明确规定了非营利组织的五类收入为免税收入，即接受其他单位或者个人捐赠的收入；除《企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；财政部、国家税务总局规定的其他收入。需要注意的是，《企业所得税法实施条例》规定：符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。根据上述规定，笔者认为，非营利性组织取得的以下两类收入不免税：一是不符合条件的非营利组织取得的收入不免税；二是非营利组织从事营利性活动取得的收入不免税。
另外要注意的是，对于非营利性组织的上述免税收入，相关法律规章对不同收费行为进行了具体规范。如民政部等六部门联合下发的《关于规范社会团体收费行为有关问题的通知》（民发[2007]167号）规定，社会团体的收费主要包括：社会团体会费、行政事业性收费、经营服务性收费、捐赠收入等。收取会费时，须使用省级财政部门印制的“社会团体会费统一收据”；接受捐赠时，必须与捐赠人订立捐赠合同。公益性社会团体在接受捐赠时，应按照行政管理级次分别使用由财政部或省、自治区、直辖市财政部门印制的公益性捐赠票据，并加盖本单位的印章。新《营业税条例实施细则》也明确，支付的行政事业性收费或者政府性基金以开具的财政票据为合法有效凭证。在进行非营利组织免税收入处理时，一定要审核该非营利组织是否符合上述相关规定，如果其本身就不符合非营利组织的条件，相应的免税收入就无从谈起。
二、免税资格的认定标准更加严格
从目前我国的实际情况来看，非营利组织既帮助政府提供公共产品和社会服务，又参与市场运作经营，如果笼统地规定对非营利组织免税，则在实际操作中容易产生税收管理漏洞。为防止企业利用非营利组织的免税资格逃避纳税义务，《认定通知》规定，享受免税资格非营利组织必须同时满足以下9个认定条件：一是组织范围限定性。必须是依照国家有关法律法规设立或登记的事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位、宗教活动场所以及财政部、国家税务总局认定的其他组织。二是活动范围特定性。从事公益性或者非营利性活动且活动范围主要在中国境内。三是支出范围合理性。取得的收入除用于与该组织有关的、合理的支出外，全部用于登记核定或者章程规定的公益性或者非营利性事业。四是开支范围特定性。财产及其孳息不用于分配，但不包括合理的工资薪金支出。五是财产用途公益性。按照登记核定或者章程规定，该组织注销后的剩余财产用于公益性或者非营利性目的，或者由登记管理机关转赠给与该组织性质、宗旨相同的组织，并向社会公告。六是投入人对财产权利不可享有性。投入人对投入该组织的财产不保留或者享有任何财产权利，其中投入人是指除各级人民政府及其部门外的法人、自然人和其他组织。七是人员工资限定性。工作人员工资福利开支控制在规定的比例内，不变相分配该组织的财产，其中，工作人员平均工资薪金水平不得超过上年度税务登记所在地人均工资水平的两倍，工作人员福利按照国家有关规定执行。八是年检必须合格。除当年新设立或登记的事业单位、社会团体、基金会及民办非企业单位外，事业单位、社会团体、基金会及民办非企业单位申请前年度的检查结论为“合格”。九是财务核算要严格区分。对取得的应纳税收入及其有关的成本、费用、损失应与免税收入及其有关的成本、费用、损失分别核算。与《企业所得税法实施条例》的规定相比，《认定通知》中规定的符合条件的非营利组织认定标准更加细化，所要满足的条件也增加了2条。需要注意的是，这和享受税前扣除政策的公益性社会团体认定条件是有区别的，两者不能混淆。
