对增值税检查时，查处的调增或调减增值税税额，应通过“应交税费——增值税检查调整”专户进行核算。该账户专门核算在增值税检查中查出的以前各期应补、应退的增值税税额，借方登记检查调减的销项税额、检查调增的进项税额，贷方登记检查调增的销项税额、检查调减的进项税额、检查调增的进项税额转出及检查调增的小规模纳税企业应交增值税税额，余额可能在贷方，也可能在借方，期末应对其余额按如下办法进行处理：
若余额在借方，且“应交税费——未交增值税”（小规模企业为应交增值税，下同）账户余额也在借方，则期末将“应交税费——增值税检查调整”专户借方余额直接转入“应交税费——未交增值税”账户的借方。
若余额在借方，且“应交税费——未交增值税”账户余额在贷方，应比较两者大小分别处理：当前者大于后者时，应在缴纳了未交增值税贷方余额后，将增值税检查调整专户的借方余额转入未交增值税账户的借方；当后者大于前者时，应先将增值税检查调整专户的借方余额转到未交增值税账户的借方，然后按两者差额缴纳增值税税款。
若余额在贷方，且“应交税费——未交增值税”账户余额也在贷方，则期末应将“应交税费——增值税检查调整”专户的贷方余额直接转入“应交税费——未交增值税”账户的贷方，并按两者之和缴纳增值税税款。
著余额在贷方，且“应交税费——未交增值税”账户余额在借方，也应比较两者的大小分别处理：当前者大于后者时，应将增值税检查调整专户余额转到未交增值税账户的贷方，并按两者的差额缴纳增值税税款；当后者大于前者时，只能按增值税检查调整专户的贷方余额，直接缴纳增值税税款。
二、增值税纳税检查账务调整的方法
第一，年终结账前查补进项税方面的账务调整。（1）扣税凭证取得不合法。如果取得的进项凭证不合法而企业抵扣了该进项税，检查发现后应做如下账务调整：借记原材料、库存商品等，贷记应交税费——增值税检查调整。（2）抵扣范围擅自扩大。企业购进用于非应税项目的货物不应抵扣进项税额，如果企业进行了抵扣，检查发现后应做如下账务处理：借记应付职工薪酬等，贷记应交税费——增值税检查调整。（3）非正常损失的货物进项税应转出而未转出。如外购货物及在产品、产成品等发生的非正常损失，企业应负担的进项税应从进项税额中转出，经检查发现未做转出处理的，应做如下账务处理：借记待处理财产损溢等，贷记应交税费——增值税检查调整。（4）少抵扣进项税额。在税法规定的期限内，如果企业少抵扣了进项税额，依照规定在计算出少抵扣的税额后，做如下账务处理：借记原材料等（红字），贷记应交税费——增值税检查调整（红字）。
第二，年终结账前查补销项税方面的账务调整。（1）价外费用未计销项税额。如果企业价外向购货方收取代收款项等符合税法规定的各种性质的价外费用未计提销项税额的，应按新售货物适用的税率计算出应补的增值税后，做如下账务处理：借记其他应付款（代收、代垫款项）、本年利润（价外费用款项），贷记应交税费——增值税检查调整。（2）视同销售业务未计销项税额。如果企业将自产的产品用于发放非货币性职工薪酬、无偿赠与他人等发生的视同销售业务未计提销项税额的，应按当期同类货物的价格或按组成的计税价格计算销售额后计提销项税额，并进行如下账务处理：借记应付职工薪酬、本年利润（应计入损益的部分），贷记应交税费——增值税检查调整。（3）适用税率有误。企业因税率使用错误造成少计销项税的，借记本年利润，贷记应交税费——增值税检查调整；如果发生多计，则用红字做上述分录。
[例1]M企业系增值税一般纳税人，增值税税率17％，20×8年6月份销项税额为30万元，购进货物的进项税额为35万元，“应交税费——未交增值税”账户借方余额为5万元。20×8年7月10日，税务机关对其检查时发现以下业务会计处理有误：6月4日，用自产的甲产品一批用于对外投资，成本价98万元，无同类产品售价，成本利润率为10％，企业做如下会计分录：
