一些大型企业、垄断行业实行效益工资制度，工资先提后发，往往存在提取数远远大于实际发放数的问题，该如何调整，很多纳税人一直有模糊认识。《企业所得税法实施条例》第三十四条规定，企业发生的合理的工资、薪金支出，准予扣除。企业的工资、薪金扣除时间为实际发放的纳税年度，即使企业计提了职工的工资，但是没有发放，也不能在企业所得税税前扣除。《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）规定，实际发放给员工的工资薪金可以税前扣除。计提而没有实际支付的工资应做调整应纳税所得额处理。
企业发生的合理工资薪金，按照税法规定企业应该在实际支付时列为企业的成本费用，2008年12月31号计提的工资没有实际发放，不能扣除，应在实际发放时扣除。《企业所得税法》第三十五条规定，企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，准予扣除。企业在“其他应付款”中计提的住房公积金、基本养老金、基本医疗保险、失业保险、补充养老金、补充医疗保险等，计提没有实际缴纳，或者多提少缴，年末留有大量余额，计提没有缴纳的“五险一金”应调增应纳税所得额。
此外，企业在成本费用核算中以“权责发生制”原则预提的各种费用，计人“其他应付款”等科目，如目标任务奖金、职工降温取暖费、水电费、邮电费等，这些费用计提但没有实际支付，应调增应纳税所得额。
四、未经审批的资产损失不能税前扣除
《企业资产损失税前扣除管理办法》（国税发[2009]88号）规定了属于由企业自行计算扣除的资产损失。纳税人应当分清审批与自行扣除资产损失的范围，不能把需审批扣除的资产损失自行扣除。资产损失审批需关注审批程序，按照税务机关的要求提供相关证据。企业发生的应审批而没有经过税务机关审批的财产损失，不得税前扣除，应做调增应纳税所得额处理。
纳税人应关注的涉税风险主要有：一是没有按期申请审批的风险。当年发生的资产损失，必须在本年度终了后45日内提出审批申请。没有申请延期又超期提出审批申请的，不能税前扣除，因此企业要注意在规定期限内提出审批申请。二是资产损失证据材料缺失的风险。要按照《企业资产损失税前扣除管理办法》（国税发[2009]88号）的损失类型，整理和保存好相关的证据材料，特别是一些过后无法补充的证据材料，以保证审批顺利通过。
此外，纳税人还需要关注，因各类原因导致资产损失未能在发生当年准确计算并按期扣除的，经税务机关批准后，可追补确认在损失发生的年度税前扣除，并相应调整该资产损失发生年度的应纳所得税额。调整后计算的多缴税额，应按照有关规定予以退税，或者抵顶企业当期应纳税款。这意味着，损失可以在以后年度批准后追补确认，但只在发生当年确认，不得滞后或提前。
五、研究开发费的归集范围不能随意扩大
《企业研究开发费用税前扣除的管理办法（试行）》（国税发[2008]116号）明确了在一个纳税年度中实际发生的允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除的费用支出。纳税人需要关注，实务中容易混淆，不能加计扣除的与研发费用有关的项目主要有：（1）间接相关的技术图书资料费、资料翻译费。如果图书资料费、资料翻译费发生的内容与研发项目之间没有直接的印证关系，则不能认可。（2）间接消耗的材料、燃料和动力费用。如研究机构所在企业用小汽车接送研究人员发生的燃料费，不是在研发过程中发生的，则不能加计扣除。（3）非直接从事研发的人员工资、薪金、奖金、津贴、补贴。如提供研发人员后勤服务的人员。（4）用于研发活动的仪器、设备和软件、专利权、非专利技术等无形资产，以及用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备，不能有其他用途，如可同时做研发之外的用途，则不能加计扣除。（5）有的企业将没有参与研究人员的工资、薪金、奖金等也纳入研究开发费，有的企业将差旅费，通讯费补助、房租等也纳入研究开发费用，属于随意扩大研究开发费的归集范围，应予调增应纳税所得额。需要注意的是，以上项目只是不能加计扣除，而不是不能扣除。
此外，《通知》规定，法律、行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。如研发成果验收、评审过程中发生的贿赂性支出，以及违背真实、合法、合理性的支出，都不允许计入。
