随着经济环境的变化以及部门预算、政府采购、国库集中支付等财务管理制度的改革，事业单位固定资产的会计核算越来越不适应新形势发展的需要，也不符合我国社会主义市场经济建设的需要，日常业务活动中暴露出的问题愈来愈严重。许多业内人士早已指出了固定资产在核算中存在的诸多问题，如核算的标准过低、不提折旧等等，也提出了相应的对策。2009年8月，财政部发布了《事业单位财务规则》（征求意见稿）（以下简称新规则）和《高等学校会计制度（征求意见稿）》（以下简称新制度），对原有的规则进行了改革，重新规范了固定资产的核算，但是仍存在一些不尽合理的地方。
一、事业单位固定资产核算存在的问题
（一）固定资产核算标准过低
界定固定资产的原标准为一般设备单位价值在500元以上，专用设备单位价值在800元以上，这一规定已明显偏低。随着经济的发展和物价水平的提高，一些简易办公用品价值不断降低，并且容易损坏、经常更换，而将其纳入固定资产科目核算，不但加重会计人员的核算工作量，而且造成固定资产的界定不明确，核算范围过于宽泛。
（二）固定资产核算原则滞后
收付实现制的核算原则落后于单位的自身发展需求。首先，固定资产作为事业单位重要的物质资源，收付实现制仅对其取得和报废进行确认、计量和报告，对其使用过程则脱离会计核算，无法准确反映事业单位所拥有的资源。其次，随着事业单位的改革和发展，既要追求社会效益又要重视经济效应。仅通过现金收付途径无法满足单位对其资源的高效运用，也无法为会计报表使用者提供各项资源运用方面的真实会计信息。
（三）固定资产取得的会计处理繁琐且不科学
在现行会计制度下，事业单位取得固定资产时的会计处理步骤冗余且不具有科学性。首先，购置固定资产时，要做两个会计分录：登记成本支出，借记“事业支出”或“专用基金——修购基金”账户，贷记“银行存款”账户；登记周定资产价值，借记“固定资产”账户，贷记“固定基金”账户。如此登记固定资产的增加，一方面将会计核算复杂化；另一方面，两笔分录之间并不存在逻辑关系，令人难以理解。其次，购建固定资产的实际成本直接列为当期支出，其原始价值同时在“固定资产”和“固定基金”两个账户反映。通常情况下，除融资租入的固定资产外，这两者的金额相等。这样就会虚增当期的事业成本，导致固定资产增加，当期的结余虚减，成本核算不科学。
（四）固定资产未进行折旧处理
在现行会计制度规定下，事业单位固定资产的核算不计提折旧。由于事业单位的主要经费来源是国家财政拨款，加上具有非营利性的特征，决定了单位在开展各项业务活动时不注重收益，也自然不需要进行成本核算。因此固定资产在取得时按实际成本计价，直至报废时才从账面上转出，对其使用过程中的价值损耗和磨损，不采取任何措施。然而，随着市场经济的转型和国家管理体制的改革，这种核算方式的弊端日益暴露出来。首先，资产负债表在任何时点只反映固定资产的原始价值，随着使用时间的延长。账面价值和实际净值的差距越来越大，不符合信息质量的要求，即不能可靠、全面地反映固定资产的信息；其次，在固定资产处置或报废之前的各个会计期间均以账面价值反映，固定资产的实际价值无法得以反映，或多或少虚增了资产和净资产的总量，导致账实不符；第三，固定资产使用期内各会计期间的成本低估，结余虚增，最终导致收入支出表提供的结余信息不真实；最后，脱离了会计的正常核算和监督，管理人员疏于管理，容易造成固定资产低价转移和流失，损害国家利益。
（五）固定资产不计提减值准备
固定资产在期末不对其实际价值进行估算，不对可能发生的损失计提减值准备，存在着与不计提折旧相似的弊端。固定资产的减值是由无形损耗引起的，意味着固定资产价值的减少。这种不计提减值准备的弊端有：首先，报表上无法反映价值的减少，信息不真实；其次，游离会计的监督，固定资产更新不及时。
（六）修购基金的计提不恰当
规则规定修购基金按照事业收入或经营收入的一定比例计提，直接增加其他资本性支出的购置和修缮账户的金额，并未引起固定资产和固定基金数额的任何变化，这使得净资产中既包括固定资产的原始价值，即固定基金账户的数额，又包括固定资产的更新维护基金——修购基金，这种重复计算造成净资产会计信息失真。再者，修购基金的提取基数不具有科学合理性。固定资产的购置与修缮费用仅是与固定资产的规模和使用状况密切有关，与单位的收入没有因果联系，因此按收入的一定比例计提不具有可理解性。
