同时目前的建设项目跟踪审计的审计重点也不是很突出，眉毛胡子一把抓。该重点审计的重要事项没能的到重点审计，一般的价值量小、作弊风险底的项目事项却花费的许多的审计时间，这样势必分散了审计人员精力，降低了审计效率和审计质量。那么如何恰当确定审计重点、合理分配审计时间，成为建设项目跟踪审计急待解决的又一个问题。
三、改进建设项目跟踪审计的几点建议
（一）科学合理地选择审计介入的时机。
建设项目跟踪审计是与施工作业同时进行的，随时可能发现一些问题，随时需要有关部门和单位予以纠正，如果对审计中的发现仍按常规程序进行，那么有很多事项就会失去纠正时机，跟踪审计的效果和作用就会减弱。因此，建设项目跟踪审计必须就审计发现随时做出审计意见和决定，以增加审计工作的时效性。然而有些事项必须停工审计，这就不可避免因基建审计对施工进度的影响。那么如何减少建设项目跟踪审计对工程进度的影响，就必须科学合理地选择审计介入的时机。
实际工作中跟踪审计必须就审计发现随时作出审计意见和决定，以增加审计工作的时效性，同时尽量避免施工进度受到审计工作的影响。因此审计人员应将工程项目造价审计的过程及其结果记录于审计工作底稿或日记中，并进行必要的复核；可根据情况选择口头形式、审计底稿及审计整改单形式以及正式审计公文形式。
对审计中发现的一般性问题，审计发现后有关单位立即主动整改的问题，以及审计对工作进度安排、施工组织等方面的意见，审计人员可用口头的形式向有关单位和部门发表审计意见，并视其重要程度在事后补作审计记录；
对因质量问题需要停工、返工和对施工方案及投资、进度、质量控制措施等存在异议，或需对其提出必要的审计建议，且经初步交换意见与有关单位和部门达成一致的，可用审计底稿和审计整改单的形式提出审计意见和审计决定；
对审计发现的重大问题、有倾向性的问题、经审计多次提出屡犯不改的问题，以及在施工过程中发现的设计方案存在缺陷等问题，审计部门应出具正式的审计文书，包括审计函、审计意见、审计决定等，同时要求被审计单位反馈情况。并根据审计工作底稿出具工程项目造价审计报告。工程项目造价审计工作底稿和审计报告，应保证真实、合法。
（二）选择跟踪审计的审计重点
在审计实践中，常常是对建设项目施工全过程的每个分部分项以上的工程、每项工程建设管理活动全部参与并审计。这种做法审计重点不突出，工作量大，不仅造成了审计资源的浪费，也不可避免地会影响施工管理部门作用的发挥，滞碍工程。科学合理地选择审计重点内容，就是要选择对工程质量、投资、进度影响较大且事后不能审计或审计难度较大的内容，作为审计跟踪点，规定为必须审计的内容。其它工程内容及管理活动，有关单位和部门可按正常施工程序进行，审计部门则根据审计资源情况和便利条件不定时抽查。
例如，对某居住房工程的桩基础工程的跟踪审计。基础中的桩分多种桩，在施工实际中，有的是一步一步的施工进行，有的工程是按设计图纸同时进行，在跟踪审计中可根据实际情况，灵活选择审计方法，适时选择审计的介入时机。同时关注审计重点，在基础桩工程中，工程合同、桩的实际长度、有效长度、钢筋用量等都是关注的重点。
建设项目跟踪审计，通过科学合理地选择审计介入的时机及科学合理地选择审计重点内容，选择对工程质量、投资、进度影响较大且事后不能审计或审计难度较大的审计内容，既可达到审计的目的，又能把对工程的影响降到最低限度。突出审计重点，既没有遗漏任何审计环节，又能在有限的时间内让审计质量达到最高，我想，随着我国社会主义市场经济的高速发展，法规的不断完善，市场体制的不断健全，建设项目跟踪审计也将会得到全面的发展。
