现行增值税会计处理的理论基础是“代理说”，即增值税与“税务代理人”—企业的成本、收入无关，不在利润表上予以列示。这一做法使收入、存货、成本、费用等一系列基本会计概念发生了变形，扭曲了企业财务比例关系，造成财务报表的不可比，最终严重影响了财务会计信息的真实性和公允性。
（一）现行增值税会计模式现行增值税会计不承认增值税的费用身份。将增值税排除在利润表之外，其基本做法是：货物一经购入，便通过“应交税金——应交增值税（进项税额）”账户核算准予抵扣的进项税并将其从采购成本中剔除；货物一经销售，便通过“应交税金——应交增值税（销项税额）”账户核算销项税并将其从销售收入中剔除；“应交税金——应交增值税”账户余额为应交增值税负债。这样，“主营业务成本”和“主营业务收入”均成为不含增值税的账户，增值税无法作为费用进入利润表。应该说，我国现行的增值税会计实质上属于财税合一的会计模式。该模式以税法规定的纳税义务和扣税权利作为会计确认与计量的依据，会计核算过分依照税法的规定，而放弃了自身的要求与原则，致使提供的会计信息与“真实公允”的会计目标相距甚远。
（二）现行增值税会计存在的弊端现行增值税财税合一的会计模式使财务会计对增值税的处理完全服从了税法的规定。税法规定增值税属于价外税，财务会计就按价外反映。这一会计做法主要存在以下弊端：
（1）破坏了计量的统一性，扭曲了“收入”、“存货”、“成本”、“费用”等一系列财务会计概念。现行的增值税会计实行价外税，其“主营业务收入”实际上是《增值税暂行条例》中的计税基础销售额，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。而FASB《论财务会计概念》中定义：“收入是一定期间内，某一个体在其持续经营的主要业务（或核心业务）活动中，因交付或生产了货品、提供了劳务或进行了其他活动，而获取的或以其他方式增加的资产或得到清偿的负债（或是者两者兼而有之）”因而将销项税从销售收入中剔除不符合收入的定义。同时，把外购货物准予抵扣的进项税从存货成本中剔除，使存货成了净额概念，又与历史成本计量属性（实际成本计价原则）相背离。实际成本原则要求对资产的登记，按照其购置时支付的现金或现金等价物的金额，或者是按照为了购置资产而付出的代价的公允价值计量。一般纳税人在购进货物并取得增值税专用发票的情况下，实际付出的是货物的买价和增值税。而按现行增值税核算办法，买价计入存货成本，增值税记入“应交税金——应交增值税（进项税额）”账户，据此反映的存货成本只是实际成本的一部分，不符合实际成本计价原则的要求。存货计价的不完整，必然导致“生产成本”、“主营业务成本”等的缺陷，其结果使收入、存货、成本、费用等一系列概念发生了变形，财务报表使用人无法按照原有的定义把握这些概念及相关的财务比率，财务会计信息的可理解性降低。
（2）忽视了增值税的费用属性，不符合配比和权责发生制原则。现行增值税会计将购货成本中的增值税与销售收入中的增值税相配比，得出应交税款的数额（或者应退税款的数额），并将其确认为一项对税务当局的负债而不同时确认为企业的一项费用。但是，国际会计准则委员会《关于编制和提供财务报表的框架》中定义：“费用是指会计期间经济利益的减少，其形式表现为由资产流出、资产递耗或是发生负债而引起业主产权减少，但不包括与产权所有者分配有关的类似事项”。显然，增值税支出与所得税、消费税、营业税支出一样，也具有费用的属性。因此对增值税费用，就需要在会计分期假设下，遵循权责发生制和配比原则加以确认，其金额应该是按销售收入计算的销项税额减去与销售成本（而非购货成本）相关的进项税额后的余额。在现行增值税会计模式下，由于增值税不能作为费用进入利润表，企业获取利润的过程无法按国际会计准则委员会《关于编制和提供财务报表的框架》要求完整再现，财务报表使用人无法确知增值税对本期损益的影响程度。
（3）有悖于会计信息质量的可比性要求。首先，从单个一般纳税人看，如果购进货物按规定取得了增值税专用发票，其存货成本不包括付出的增值税进项税额，否则，存货成本则包括付出的增值税进项税额。可见对同一企业存货的计价有时价税分离，有时价税合一，缺乏可比性；其次，从一般纳税人和小规模纳税人来看，一般纳税人在取得符合规定的增值税专用发票时，存货成本按价税分离核算，而小规模纳税人却一律按价税合一核算，结果导致不同类型企业的存货计价缺乏可比性；再次，对于缴纳增值税和缴纳营业税的不同企业来看，由于营业税采用含税法进行会计处理，而增值税采用不含税法进行会计处理，致使财务报表被截然分成了两大板块：缴纳增值税的企业，其利润表中的“主营业务收入”、“主营业务成本”、“营业税金及附加”以及存货等项目均不含增值税；缴纳营业税的企业，其利润表中的上述项目却包含营业税。二者口径的不同严重影响了两类报表的可比性，使得两类报表的合并缺乏解释基础。
