1、对企业组织形式的潜在影响
10号文虽然解决了总分机构所在地的利益关系，但对居民企业而言，是设立具有法人地位的子公司还是不具有法人地位的分公司，对子公司或分公司所在地的利益影响是不同的，有可能导致地方税务机关干预企业的组织形式。比如一家分公司生产经营情况较好，自己单独计算的应纳税额大于按照10号文计算分配的税额，当地税务机关有可能要求分公司变成子公司；反之，税务机关有可能希望子公司变成分公司。但对企业而言，子公司是独立纳税人，盈亏不能在企业间互抵，而分公司间的盈亏是可以互抵的，从这一点看，纳税人希望设立分公司形式。
2、总分机构税款分享办法的优缺点
应纳税额在总分机构之间的分享采用50：50的比例，操作比较简单，但在某些情况下，可能导致税额分配的不合理。如总机构在北京，承担主要的生产经营活动，在天津设立一分公司，只有少量的经营活动，但是天津分公司也可以分享50%的应纳税额。
3、中央地方税款分享方法的优缺点
现行的中央地方分享办法由以前的属于地方的40%的税款全部归属于企业所在地，改为25%×40%的税款由全国各地分享，这在一定程度上削弱了总机构所在地分享税款的权利，但是却会增加其他地方分享的税额。由于设在沿海经济发达地区的总机构相对较多，这种办法有利于平衡发达地区和落后地区之间的利益关系。
4、用于分摊的税额的计算方法
根据10号文，如果总机构在境外设有分支机构，则用于分摊的税额不应包括境外分支机构的应纳税额。这种做法有一定道理，也有利于保证中央财政的收入。但在操作上纳税人需要计算两个应纳税额，一个是境内总分机构的应纳税额，一个是境外分支机构的应纳税额，相应填写两张申报表，如果境内分支机构适用的税率不一致，还要再另外计算应纳税额，另外填写一张申报表，这种处理方法会给纳税人增加许多额外的负担。
5、分支机构征管的真空
虽然分支机构向其所在地申报纳税，分支机构所在地税务机关也有监管的责任，但是由于分支机构向当地缴纳的税额是由总机构分摊过来的，这将导致分支机构所在地税务机关的监管苍白无力，而总机构所在地税务局也难以对设在外地的分支机构进行有效监管。所以，如何协调税务局之间的监管关系，将是所得税征管面临的一个难题。
