自2008年1月1日起，统一适用于所有内外资企业的新企业所得税法开始实施。与原来的内外资企业所得税法相比，新的企业所得税法在纳税人、应纳税所得额的计算、应纳税额的计算等方面都发生了较大的变化。其中，根据原内资企业所得税条例，独立核算的不具有法人地位的分公司就是一个独立纳税人，可以根据自己的收入、成本、费用等，计算并在当地缴纳所得税。根据原外资企业所得税法，外商投资企业的分支机构，虽然由总机构统一缴纳所得税，但是，各分支机构需要计算各自的应纳税所得和应纳税额。而根据新的企业所得税法，依据中国法律注册成立的企业，不具有法人地位的分公司不是企业所得税的纳税人。也就是说，以前因独立核算而具有纳税人资格的分公司在新法下将不再具有纳税人资格。那么，分公司应在何地纳税就成了一个需要迫切解决的问题，因为这可能导致不同地方的税收利益关系发生相应变化，跨省设立分支机构的企业在这个问题上更为突出。为解决跨省市设立分支机构的企业应纳税所得额的计算、缴纳和分享问题，财政部、国家税务总局、中国人民银行联合发布的《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财预[2008]10号，以下简称10号文）明确规定，跨省市设立分支机构的企业所得税，按照统一规范、兼顾总机构和分支机构所在地利益的原则，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法。
一、主要内容解析
1、应纳税所得额和应纳税额的计算
“统一计算”就是居民企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得额和应纳税额。也就是说，跨省市设立分支机构的企业，应汇集各分支机构的收入、成本、费用等，统一计算应纳税所得额和应纳税额，这也符合新所得税法实施条例第125条关于“企业汇总计算并缴纳企业所得税时，应当统一核算应纳税所得额”的规定。
但是，有些企业的总机构和分支机构可能适用不同的税率，如北京某高新技术企业适用15%的税率，其设在上海的一家专门从事贸易活动的分公司可能是25%的税率。针对这种情况，10号文规定，总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别计算应纳税所得额和应纳税额，分别按适用税率缴纳。
2、应纳税额的缴纳
为兼顾总机构和分支机构所在地的利益关系，10号文规定，总机构和分支机构应分别在当地按月或按季预缴税款，即“就地预缴”。
具体方法是：总机构根据企业本期累计实际经营成果，统一计算企业实际利润额、应纳税额。将总机构计算的应纳税额分成相等的两部分，50%由总机构缴纳，另外的50%由分支机构缴纳。如果一个总机构下设多家分支机构，则再由各分支机构按照一定的比例计算自己应在当地缴纳的税款，各分支机构的分享比例按照各自的经营收入，职工工资和资产总额三个因素和0.35、0.35、0.3的权重计算得出。具体的计算公式如下：
各分支机构应分摊预缴额=所有分支机构应分摊的预缴总额×该分支机构分摊比例
所有分支机构应分摊的预缴总额=统一计算的企业当期应纳税额×50%
该分支机构分摊比例=（该分支机构经营收入/各分支机构经营收入总额）×0.35+（该分支机构职工工资/各分支机构职工工资总额）×0.35+（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）×0.30
在此需要注意两个问题：一是这里的资产不包括无形资产，因为无形资产不可能属于哪个分支机构。二是虽然根据新企业所得税法第128条的规定，纳税人按照月度或季度的实际利润额预缴有困难的，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴，但这里提到的总机构的应纳税额是根据实际经营成果计算出来，而不是根据上年度应纳税所得额的一定比例计算。
