再次，成本加成合同以合同约定或其他方式约定的成本为基础，加上该成本的一定比例或定额费用来确定工程价款，并据以进行收入计量。在实际征收管理中，税务部门偶尔会以纳税人的建造成本不能可靠验证，特别在该纳税年度内尚不能提供准确、完整的纳税资料等为由，重新核定其企业所得税应税收入。
最后，建造合同准则规定，企业应在资产负债表日确认合同收入和合同费用。而税法要求纳税人按月度或者季度进行所得税预申报，而按年度确认合同收入和成本，并进行所得税汇算清缴。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第一百二十八条规定：按照月度或者季度的实际利润额预缴有困难的，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额，或者按照经税务机关认可的其他方法预缴。预缴方法一经确定，该纳税年度内不得随意变更。税法只强调年度内预缴税款方法的一贯性，而不强求其准确性，且季度预缴税款如果存在少缴情况，不以偷税论处。因此，在一个年度内，不妨保持会计与税收间分期收入的一致性；而在年度纳税申报表与会计报表之间，则应关注和处理两者之间的差异问题。
（四）税法与会计准则关于完工进度确定的差异
建造合同准则确定合同完工进度有三种方法，即，根据累计实际发生的合同成本占合同预计总成本的比例确定；根据已经完成的合同工作量占预计总工作量的比例确定；根据实际测定的完工进度确定。
在分期确定计税收入的过程中，如果会计核算中使用的确定完工进度的三种方法较为合理，则可将其作为计税的基础，税务部门一般予以认同。但如果会计核算时因完工进度不能可靠计量，未确定完工进度，税务部门通常采取用已开工天数除以合同工期的方法来确定建造合同完工进度。
三、合同成本确认与计量
合同成本包括从合同签订开始至合同完成止所发生的、与执行合同有关的直接费用和间接费用。合同的直接费用应当包括：耗用的材料费用、人工费用和机械使用费等费用。间接费用是企业下属的施工单位或生产单位为组织和管理施工生产活动所发生的费用。直接费用在发生时直接计入合同成本，间接费用在资产负债表日按照系统、合理的方法分摊计入合同成本。
会计核算是税收的基础，但会计核算上的合同成本并非即计税成本。我国税收征管依然是“以票控税”，对发票的格式规范、要素和内容等方面有着严格的要求。例如，对于独立建造的工程，施工企业应对所购建筑材料凭正规发票入账，不得使用“白条”；针对建筑业从业人员的流动性特点，税务部门高度关注职工名单、薪酬金额的真实性，支付凭证的合规性；而对于分包工程，建筑业的总承包人应取得分包人开具的建筑安装业发票，为加强建筑业成本管理，税务部门还会要求提供建造合同、预决算书、工程结算材料等相关证明文件。在差额缴纳营业税时，还应取得分包人的完税凭证。如此等等。
在税收征管过程中，税务部门如果认为纳税人会计核算、票据等方面不能达到税收管理要求，一般也会对纳税人进行所得税核定征收。
例2：20×7年年底，A建筑公司与B公司签订了一项总金额为1 000万元的房屋建造固定造价合同。工程已于20×8年1月初开工，合同约定于20×9年10月份完工，预计工程总成本为800万元。截至20×8年12月31日，该项目已经发生的成本为500万元，预计完成该合同还将发生成本300万元，已开票结算工程价款320万元，实际收到300万元。假设不考虑城建税和教育费附加，所得税税率为25%，无其他纳税调整项目，预计未来有足够的应纳税所得额可以抵扣暂时性差异。假设，20×8年12月31日，A公司得知B公司生产经营发生严重困难，以后的款项很可能无法收回。
