事业单位在一定期间各项经营收入与其相对应支出相抵后的余额。贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数和结转结余分配数。本科目平时一般不核算，只在期末（一般在年末）转账时，将“经营收入”科目余额转入本科目贷方，会计分录如下：
借：经营收入
贷：经营结余
将“经营支出”、“销售税金”（经营业务）等科目余额转入本科目借方，会计分录如下：
借：经营结余
贷：经营支出
销售税金（经营业务）
本科目贷方余额为实现的经营结余，借方余额为经营亏损。年度终了，单位应将实现的经营结余全数转入“结余分配”科目，结转后本科目无余额。需要注意的是：如出现经营亏损，“经营结余”科目借方余额不能结转到“结余分配”科目，只能挂在“经营结余”科目，需用以后年度的经营收益来弥补。
（三）专项结余的核算
专项结余是专项资金收支相抵后的余额，事业单位的专项结余分已完工项目专项结余和未完工项目专项结余。事业单位的未完工项目专项结余，结转下年继续使用，无需进行会计处理；事业单位的已完工项目专项结余，报经同级财政部门或项目财务主管部门审批后，分三种情况处理：一是给项目组的物质奖励要增列专款支出；二是留给单位的直接转入事业基金；三是收缴财政部门或项目主管单位的冲抵拨入专款。
事业单位的已完工项目专项结余不在年末集中进行转账，而是在专项项目完工并结清收支后，根据财务管理的要求以书面材料向同级财政部门或项目财务主管部门报批后进行转账。
（1）核销支出核算：
属本单位直接实施的专项项目，会计分录为：
借：拨入专款
贷：专款支出
由所属单位实施的专项项目，会计分录为：
借：拨入专款
贷：拨出专款
（2）项目结余的核算：
经相关部门审核批准，对项目组有突出贡献人员给予物质奖励，其奖励支出要增加专款支出额度，会计分录为：
借：专款支出
经相关部门审核批准留给单位，会计分录为：
借：拨入专款
贷：事业基金——般基金
经相关部门审核批准上缴原拨款单位，会计分录为：
借：拨人专款
