事业单位结余是指事业单位在一定期间各项收入与支出相抵后的余额，一般在年终结账时一次性核算。实际工作中，有的单位年终核算时制作会计凭证不是将收入和支出结转“结余”科目，而是将收入和支出相对转，结余或透支挂往来款项，从而使做出来的财务报表虽然收支平衡，但实际上财务报表不能正确、完整地反映核算单位收支及结余的真实情况。现根据《事业单位财务规则》规定，谈谈事业单位结余及其分配的具体核算。
一、事业单位结余的会计核算
事业单位的结余按资金用途不同分为经常性收支结余和专项资金收支结余。经常性收支结余按资金获得渠道不同又分为事业结余和经营结余。
（一）事业结余的核算“事业结余”科目核算
事业单位在一定期间除经营收支以外各项经常收支相抵后的余额。贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数。本科目平时一般不核算，只在期末（一般在年末）转账时，将“财政补助收入”、“上级补助收入”、“附属单位缴款”、“事业收入”、“其他收入”等科目余额转入本科目贷方，会计分录如下：
借：财政补助收入
上级补助收入
附属单位缴款
事业收入
其他收入
贷：事业结余
将“拨出经费”、“事业支出”、“上缴上级支出”、“销售税金”（非经营业务）、“对附属单位补助”、“结转自筹基建”等科目余额转入本科目借方，会计分录如下：
借：事业结余
贷：拨出经费
事业支出
上缴上级支出
销售税金（非经营业务）
对附属单位补助
结转自筹基建
本科目贷方余额为当期实现的结余，借方余额为当期需要弥补的差额。年度终了，单位应将当年实现的结余全数转入“结余分配”科目，结转后，本科目无余额。
