关于无形资产，条例中规定应按直线法摊销且摊销年限不得低于10年。但作为投资或者受让的无形资产，有关法律规定或者合同约定了使用年限的，可以按照规定或者约定的使用年限分期摊销。在处理两者关系时，后者应为一项特别规定。按照特别规定高于一般规定的原则，如果投资或者受让的无形资产，有关法律规定或者合同约定的使用年限低于10年，则可按法律规定或合同约定的年限摊销；反之，企业可根据实际情况进行合理选择。例如，某企业受让了一项商标权，合同年限为5年，则企业可按5年摊销。又如，企业自行研发了一项专利并资本化，法律保护年限为20年，该企业预计该项专利经济寿命约6—8年，则该项专利在税前分期扣除的年限最短不得低于10年。但对于有效使用年限确定的无形资产，例如受让的土地使用权，应按合同约定年限摊销，而不可以选择按不低于10年摊销。对于企业外购商誉，因新《企业会计准则》中规定不作摊销，只在资产负债表日作减值测试，而未经税法核定的准备金不得于税前扣除，故条例中规定外购商誉的支出，在企业整体转让或者清算时方准予扣除。
在长期待摊费用方面，条例中无论是在定性规定还是定量规定上都适当放松了限制。在第六十八条中，将企业所得税法第十三条第（一）项和第（二）项所称固定资产的改建支出，明确为“是指改变房屋或者建筑物结构、延长使用年限等发生的支出”。那么，企业对折旧期届满或经营租入固定资产进行简易维护、粉刷之类而发生的费用便不再强求长期摊销。在第六十九条中，将企业必须长期待摊的固定资产大修理支出，明确应“同时”符合两个条件，其中第一个条件为修理支出应达到取得固定资产时的计税基础50%以上，而国税发[2000]84号文中规定的比例为20%，且在若干条件中只要符合条件之一即须长期待摊。不过，如果企业尚未折旧期满的固定资产进行改建而发生的支出，应该按条例第五十八条（六）项的规定增加固定资产计税基础。条例第七十条规定：企业所得税法第十三条第（四）项所称其他应当作为长期待摊费用的支出，自支出发生月份的次月起分期摊销，摊销年限不得低于3年。此类费用一般是指开办费等，原税法规定要求分5年摊销，且摊销起点为“开始生产、经营的次月起”。
关于生物资产，应注意的是普通企业的绿化费不属于生产性生物资产，不应资本化并加以折旧。
7、企业之间的管理费及企业内部费用结算等。条例第四十九条规定：“企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除”。这一规定终止了原内资企业经税务机关批准可向集团内总公司上交管理费的政策，今后，企业之间如果确实相互提供劳务、共享资源的，应按独立企业的交易原则结算价款。这一规定也改变了原税法中外商投资企业总机构可向分支机构分解费用方面的规定。
8、捐赠支出。新法及条例中对公益性捐赠的定性、扣除比例、限额计算基数、公益性社会团体特征、受赠国家机关的级次等都作了统一。在实务中，应注意税务机关要求使用捐赠专用收据的问题。
三、税基式、税率式、税额式优惠：主次分明而又目标一致
新法中突出了对特定产业和项目给予税收优惠的政策导向，逐步弱化地区优惠，统一了内外资企业的税收优惠，条例在此方面又作了诸多具体规定。纳税人在适用新税收优惠政策时应注意如下几点：
1、新法及条例规定的税率优惠是针对纳税人的，能否享受这些优惠税率，企业应进行身份认定，“对号入座”。如符合条件的国家需要重点扶持的高新技术企业适用15%的税率；符合条件的小型微利企业适用20%的税率；而非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，可就其来源于中国境内的所得按10%的优惠税率缴纳企业所得税。只要符合规定条件，“企业”便是优惠的对象，整个企业的相应所得都按优惠税率计税。
2、新法及条例中突出了税基优惠的项目，并非直接针对“企业”，而是针对企业特定项目的“所得”或“收入”、“扣除”。如从事农、林、牧、渔业项目的所得，从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得，从事符合条件的环境保护项目、节能节水项目的所得，符合条件的技术转让所得；符合规定的资源综合利用收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，国债利息收入；符合条件的固定资产加速折旧，技术开发费等项目的加计扣除等等。企业需注意的是，这种税基式优惠是基于对特定产业、特定经营项目、特定行为给予的鼓励、照顾和宽免，并非一个企业的全部所得均可减税或免税。也正因如此，企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目时，应注意划分不同项目的所得。例如，企业应区分国债利息收入与国债转让所得，区分股息性所得和资本利得。对于经营性项目所得，应正确而又合理地配比不同项目收入与扣除之间的关系。
3、新法及条例中大面积地废止了原税法中的税额式优惠，如新办企业定期的减免税政策，只给新法公布前批准设立的企业5年的税收优惠过渡期，从而限制了一些企业通过重复设立新办企业等手法进行避税的行为。新法及条例中保留的税额式优惠集中于购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备，可按其投资额的10%抵免企业当年的应纳税额；当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。企业购置的设备必须在规定目录内，但不论是进口设备还是国产设备。在新旧政策接轨期间，企业应关注投资发生额所属年度的具体界定标志——是签订合同日还是开票日？抑或是到货日或报关日？另外，“投资额”所包括的范围有多大？享受优惠时是否须向有关部门履行某种手续？这些具体政策也需要明确。
