1、工资及“三项经费”。条例第三十四条规定：“企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除”。此项规定宣告实行多年的内资企业计税工资办法成为历史，消除了对职工薪酬既征收个人所得税又征收企业所得税的重叠征税现象。条例中要求税前扣除的工资薪金必须实际发生，在一个纳税年度内提取的应付职工薪酬应实际支付，在实务中，纳税年度结束前提取的应付职工薪酬最迟应在汇算清缴结束前支付，否则应对其余额作纳税调整。对于股份支付，无论是以权益结算还是以现金结算，在等待期内，企业提取的职工薪酬费用显然不符合实际发生的原则要求，应当构成纳税调整事项。而条例中不再规定税前扣除的工资薪金标准，这也客观上为部分企业增加工资薪金支出、减少利润分配进而降低综合税收成本留下一定空间。那么，条例中关于工资薪金支出“合理的”要求，是否为今后进一步制定工资税前扣除管理办法埋下伏笔，有待观察。
在关于职工福利费、工会经费、职工教育经费等“三项经费”的税前扣除方面，条例中分别规定了14%、2%、2.5%的限制比例，且规定职工教育经费超过规定比例的部分可结转以后年度扣除，有特别规定的依照规定扣除。“三项经费”的计提依据均为工资薪金总额而不同于原先内资企业的计税工资。值得注意的是，在“三项经费”扣除标准前，分别加上了“发生的”、“拨缴的”等限定性词汇，在一个纳税年度内，企业提取而未实际使用、支付的费用应予纳税调整。而新法实施之前，内资企业按计税工资提取的14%的职工福利费、内外资企业按财务制度提取的职工教育经费当年未实际使用的部分并未要求纳税调整。这一扣除政策的变化还带来了税制改革前后如何衔接过渡的问题。例如，内资企业账面结存的应付福利费余额如何处理？如果企业将其转入损益是否应予征税？
2、社会保障性支出。条例第三十五条规定：“企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。”第三十六条规定：“除企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费和国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费外，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得扣除。”上述可以扣除保险的范围和标准尚待明确。广义的补充养老保险包括信托型年金和缴费型商业保险，与基本养老保险不同的是，它属于企业自愿的福利制度，如果未来对规定范围和标准内的两项补充保险个人所得税实行暂免征税，则将对企业有较大的吸引力。而“国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费”，笔者认为，企业管理人员、营销人员在因公出差途中购买的一般航空保险应属于此列，符合相关性及合理性原则要求。
3、营销费用支出。条例第四十三条规定：“企业发生的与生产经营活动有关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。”由于此项费用公私不分明，较之于原税法，条例采用了双重限制。假定一家公司年度销售收入1亿元，全年业务招待费为120万元，其60%为72万元，再按年度销售收入的5‰计算限额为50万元，则又超出限额22万元，则税前扣除金额为50万元。如果该企业全年业务招待费为80万元，则可税前扣除48万元。该项扣除还存在有待明确的一些具体问题，如“销售（营业）收入”的口径是什么？对于特定类型的企业如投资公司、代理公司等，计算限额的基数是什么？
条例第四十四条规定：“企业发生的符合条件的广告费和业务宣传费支出，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，不超过当年销售（营业）收入15%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。”由于此两项费用属于与经营活动有关，但存在在某一年度集中发生而在以后各期受益的现象，故条例在设定标准的同时允许超比例部分递延扣除。对于每年都有高额广告、宣传费用发生的企业而言，该条规定又有限制过度广告促销之意。值得进一步关注的是，两项费用应为“符合条件的”，而条例中并未规定其具体条件。在国税发[2000]84号文中曾规定了广告费的条件，而业务宣传费与广告费、广告性赞助支出、会议费乃至业务招待费等费用项目之间的界限有时并不那么清晰，在实务中应引起注意。
4、财务费用。条例结合新《企业会计准则》的变化而规定：“企业为购置、建造固定资产、无形资产和经过12个月以上的建造才能达到预定可销售状态的存货发生借款的，在有关资产购置、建造期间发生的合理的借款费用，应当作为资本性支出计入有关资产的成本，并依照本条例的规定扣除。”此前，税法中只是要求房地产开发企业将开发期间的借款费用资本化。条例第三十八条规定，非金融企业向非金融企业借款的利息支出、不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分准予扣除。但在新法第四十六条规定：“企业从其关联方接受的债权性投资与权益性投资的比例超过规定标准而发生的利息支出，不得在计算应纳税所得额时扣除”。条例中只是对企业直接或间接从关联方企业获得的债权性投资及权益性投资范围加以明确，而未规定具体限制比例。关于此项意在防止资本弱化的规定，在《国家税务总局关于印发〈企业所得税税前扣除办法〉的通知》（国税发[2000]84号）中，曾规定作为内资企业的纳税人从关联方取得的借款金额超过其注册资本50%的，超过部分的利息支出，不得在税前扣除。这一规定往往会导致确实基于合理商业目的的关联企业间借款利息一方因超过标准而不得税前扣除，另一方却全额作为利息收入征税，从而产生重复征税的结果。笔者认为，在国务院财政、税务主管部门今后另行规定的标准中应考虑标准的合理性问题。实务中，企业还应注意税前扣除利息费用的凭证合规性要求。
5、资产的计税基础。条例第五十六条规定：“企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。”“企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。”这是在会计计量属性多元化以后税法中提出的一项确定性原则要求。例如，企业对交易性金融资产、投资性房地产按公允价值进行计量时产生的公允价值变动损益，在计算应纳税所得额时不予确认，则此类资产的计税基础应为历史成本。又如，某上市公司收购另一非同一控制的目标企业100%的股权，目标企业按评估确认值调整了资产的账面价值，因评估增（减）值并不计入目标公司应纳税所得额，故其计税基础应保持为原账面价值。上述原则也将运用于企业重组中资产计税基础的管理。
