1、新法中将收入分为应税收入、免税收入、不征税收入三类，其中不征税收入是一个新的收入范畴。新法第七条规定的不征税收入包括：财政拨款；依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；国务院规定的其他不征税收入。条例第二十六条明确规定，“政府性基金”是指企业依照法律、行政法规等有关规定，代政府收取的具有专项用途的财政资金；“国务院规定的其他不征税收入”是指企业取得的，由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。这一规定显然承袭了《财政部、国家税务总局关于企业补贴收入征税等问题的通知》（财税[1995]81号）中的有关规定，企业取得的各种财政性资金能否不作应税收入，必须符合规定条件并有国家明文列举。在既往的部门规章中，明文规定的不征税收入只限于较小的范围之内，新法实施后这些项目是否延续，是否有所调整，则是需要关注的实际问题。
不过，在收入与扣除及亏损弥补的关系上，新法及条例发生了重要变化。《国家税务总局关于企业的免税所得弥补亏损问题的通知》（国税发[1999]34号）规定：“如果一个企业既有应税项目，又有免税项目，其应税项目发生亏损时，按照税收法规规定可以结转以后年度弥补的亏损，应该是冲抵免税项目所得后的余额。此外，虽然应税项目有所得，但不足弥补以前年度亏损的，免税项目的所得也应用于弥补以前年度亏损。”例如，A公司2008年度应税收入为900万元，相应扣除额为1 000万元，同时从子公司分回利润260万元（即免税收入）。如果按照国税发[1999]34号文的规定，A公司应税项目的亏损100万元必须以免税收入260万元予以弥补，则结转以后年度的亏损为0。而新法第五条规定：“企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额”。条例第十条规定：“企业所得税法第五条所称亏损，是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额”。据此，A公司2008年度的应纳税所得额为：（收入总额1 160-免税收入260）-扣除额1 000= -100（万元），即存在可结转以后年度弥补的亏损100万元。
2、关于收入确认的具体规定。条例在权责发生制原则下，分别不同来源和种类的收入，逐一规定了收入确认的时间。以利息收入为例，条例规定：“按照合同约定的债务人应付利息的日期确认收入的实现”。由此可见，只要纳税人具有索取收入或收益的约定权利，不管相应经济利益是否流入，税法便认定计税收入实现。税法关于收入的确认和归属并不完全是经济意义或会计意义上的归属，更主要是基于约定权利的归属。由此又产生另一问题，如果甲公司持有乙公司发行的一次还本付息的三年期公司债券，甲公司在持有期内的资产负债表日，应按会计准则的相关规定确认应计利息及利息收入，而此时并非“债务人应付利息的日期”，那么，纳税人进行当期纳税申报时是否可作纳税调减、在合同约定付息日再作纳税调增？这是实务中容易引发争议的问题。
关于收入的分期确认问题，条例规定：“企业受托加工制造大型机械设备、船舶、飞机，以及从事建筑、安装、装配工程业务或者提供其他劳务等，持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现”。条例将原税法中持续时间超过“1年”重新表述为超过“12个月”，为什么作如此变化呢？原规定存在的问题是：“持续时间超过1年”究竟是指建造合同跨过一个纳税年度，还是指持续时间超过365天或者12个月呢？不同的理解会产生不同的计税结果。按照新法规定，如果一项建造合同的开始至完成持续时间不超过12个月，则不强求纳税人必须按照完工进度或者完成的工作量确定应税收入。反之，则必须于纳税年度内分期确认计税收入。
3、关于视同销售的具体规定。条例第二十五条规定：“企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外”。这一规定显然是对《财政部、国家税务总局关于企业所得税几个具体问题的通知》（财税[1996]79号）、《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）、《国家税务总局关于外商投资企业内部处置资产有关所得税处理问题的通知》（国税函[2005]970号）等部门规章中关于内外资企业视同销售内容的整理、提炼和统一。其值得注意的要点有：首先，条例中提出了对劳务的视同销售问题。假定一家酒店购入另一电视机生产企业的彩电，未支付货款，现以提供免费客房及餐饮服务为条件抵偿货款，则应对所提供客房及餐饮服务按公允价值视同销售确认应税收入。其次，财税[1996]79号文中规定，内资企业将自产产品用于在建工程、管理部门须视同销售，而条例中不再作此要求。这与国税函[2005]970号文中规定的外商投资企业发生的资产所有权属在形式和实质上均未改变的内部处置行为无须视同销售的规定相一致，从而解决了内资企业在此方面负税过当及不必要的暂时性差异问题。再次，条例的此规定在具体行业、具体涉税业务中的应用值得关注。例如，《国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》（国税发[2006]31号）规定，内资房地产开发企业将开发产品转为固定资产应视同销售，而国税函[2005]970号文规定，外商投资的开发企业将自建商品房转为自用或经营不作视同销售，那么，按照条例的新规定，今后此类业务应无须视同销售。
（三）实际发生、相关性、合理性：税前扣除的三大基本原则
实际发生原则蕴含了以下具体要求：与税前扣除项目相关的业务事项是真实的、业已客观发生或存在的；具备合规、适当的凭证并可验证；款项业已支付；履行了必要的税收管理程序、手续等。条例中阐明相关性原则是指与取得收入直接相关的支出，它首先要求一项扣除应与纳税人的收入在性质上、根源上存在直接关系。例如，企业经营者家庭或个人的某项消费性支出（如聘用保姆费用）或许有助于公司经营活动及其收入，但这充其量是间接相关，不可于税前扣除。相关性原则还要求纳税人划分与应税收入、免税收入、不征税收入相关的支出项目，划分不同纳税年度与收入相关的支出，否则将会影响纳税人对税收优惠待遇的享受或产生税收风险。另外，企业发生的支出应当区分收益性支出和资本性支出，由于资本性支出所产生的经济利益及于以后各期，故不得在发生当期直接扣除。条例中将合理性原则规定为：是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。在此原则下，条例中对某些税前扣除项目规定了具体比例，或提出了一般要求。
