3．投资者的利益难以得到保障。股东之间的利益应该是一致的，股东关注的是公司的盈利和发展前景，股票的价格是其共同的价值基础。而在我国资本市场上，由于非流通股的价值是以净资产计量，流通股的价值是以市场价格计量，流通股股东和非流通股股东的利益就产生了不一致。就流通股股东来说，其投资收益来自股息收入和资本利得。然而由于流通股股东对公司经营的影响很小，他们基本上不关心公司的经营，只关心资本利得，因而普遍存在投机的思想。在这种投机思想的指导下，加之中小投资者在资金、信息等方面的劣势，在大盘下跌时往往亏损严重，严重挫伤了投资信心。同时，由于股价对非流通股股东几乎没有约束，且在每次股权融资后其净资产都会有大幅增长，这样的利益驱动使非流通股股东的股权融资欲望永无止境，这也损害了流通股股东的利益。
4．上市公司的法人治理结构难以完善。由于上市公司的国有股和法人股过于集中，而且不能上市流通，股权分散合理途径受到限制。上市公司的独立法人地位受到损害，也影响了公司治理结构的完善和作用的发挥。加之股权高度集中，根据“一股一票”的原则，董事长通常为国有股东的代表。由国资委委托或直接委派产生的国有股东的代表对企业的控制，一方面表现为行政上的超强控制，另一方面表现为产权上的超弱控制，内部人利用这一漏洞获得了事实上的控制权。国有股权越集中，内部人控制就越强。
有效的监督制衡机制和激励机制也难以建立。由于股权结构不合理，一方面在国有股东和公众股东缺乏直接控制力的条件下，没有形成对经理层的股权约束，而监事会对董事没有任免权，无论是在人员组成还是职权上都没有能力与董事会抗衡；另一方面企业经理人员特别是受托经营国有资本的主管人员，在公司的股权结构中没有相应的股权比例，其利益不能通过透明的机制来保证。在有利益冲突的情况下，经理层往往为谋取私利而损害股东的利益。这时公司业绩在更大程度上是依赖经理人员的素质和“良心发现”，或依赖于控股股东的开明程度。
股权分置制度的弊端使中国资本市场经历了一个痛苦的再造过程，资本市场总是呈现着“牛短熊长”的特点，进入新世纪以来，上证综合指数从2001年高启的2 245点，下探到2005年的998点。银广夏等上市公司的造假、中天勤会计师事务所等中介机构的失信、中科创业庄家的操纵市场、南方证券等证券公司纷纷陷入困境这一切使中国股市遭遇了空前的信任危机。
