政策的创新之处，给企业带来了不少隐性的利益，但同时也暗含着相关的风险，企业需要充分把握，认真应对。
对于适用免税重组条件的企业，如果企业选择特殊重组，要特别注意自身的重组活动必须具备合理的商业目的，不应以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的，且被收购、合并或分立部分的资产或股权比例，以及重组交易对价中涉及股权支付金额必须符合通知规定的比例。企业如果要证明自己适用特殊性重组规定，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合相应的特殊性重组规定的条件。这些问题一旦处理不好，会给企业带来巨大的风险隐患。
截至目前，有关部门尚未提出具体的资料要求。朱桉认为企业可以根据通知中适用特殊性重组规定需要满足的条件，在进行资料准备时注意下列方面：重组类型界定、重组完成日、重组业务中涉及的基本经济业务（资产转让、置换，债务清偿，职工安置，土地出让金或土地使用权的处理）和当事人、符合特殊重组条件的说明和合理商业目的说明、经济业务的作价、中介机构的评估书、有关资产或债务的重组业务发生前后的计税基础、有关纳税事项或责任的承继规定等。
计税基础的提出，要求企业首先要转变观念，充分认识进行税务筹划的必要性。在此基础上，准确分析并计算企业并购重组前后的“计税基础”，且养成习惯随时调整。
需要强调的是，在新所得税法出台后59号文发布之前这段时间已经发生相关业务的企业，要追溯处理，补齐相关手续和资料，否则日后一旦被查到资料缺失，可能会给企业带来不必要的损失。另外，朱桉强调，企业在做税收筹划中，存在风险最大、最需要注意的有两点：一是思想上要足够的重视，二是应事前提早做准备。
疑义
关于59号文在操作过程中可能存在的难点及有待完善之处，朱桉逐一分析了企业重组适用特殊性税务处理的规定。
首先，对于投资者而言，选择适用特殊重组需要有合理商业目的，然而由于相关判例及政策指引的缺乏将使“合理商业目的”的判定变得较为困难。
其次，规定“股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%”，而75%的比例可能有些偏高，一些行业的相关行为可能会受到影响。
再次，适用特殊重组需要满足的条件之一是经营的连续性，实际操作中可能较难把握。一般来说，企业的经营活动会根据市场条件的改变而做出调整。然而，目前尚不确定由于经营需要或市场需求（如产品提升、科技更新、客户需求变更等）导致的经营活动变化是否会被认为是“实质性经营活动”的改变。
最后，对于“企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权”，这个规定中“12个月”的时间是否应适当缩短，如6个月，或对上市公司和非上市公司区别对待，这样操作时可能更灵活些，国际上大多数国家也是采用了相对灵活的处理方式。
