首先，政府借款不属于应税收入。《企业所得税法实施条例》规定的财政拨款，是指各级政府对纳入预算管理的事业单位、社会团体等拨付的财政资金，国务院和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。财政部、国家税务总局《关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2008]151号，以下简称《通知》）规定，企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金外，均应计入企业当年收入总额。国家投资，是指国家以投资者身份投入企业，并按有关规定相应增加企业实收资本的直接投资。而要求“资金使用后归还本金”应该是地方政府的行为，如果对是否支付利息不作明确，只要求本金一定归还，则属于借款行为。这种行为与收入无关，不计入企业所得税的应税收入额。
其次，增值税退税应计入应纳税所得额。《通知》强调，财政性资金是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款。企业取得的各类财政性资金，除投资和借款以外，均应计入企业当年收入总额。据此，该企业取得的三废资源综合利用200万元增值税退税款，应计入应纳税所得额。取得的地方政府用于帮助企业发展、购置固定资产的财政支持资金280万元，也应计入应纳税所得额。
再次，“乱收费”项目不得税前扣除。《通知》指出，企业按照规定缴纳的、由国务院或财政部批准设立的政府性基金以及由国务院和省、自治区、直辖市人民政府及其财政和价格主管部门批准设立的行政事业性收费，准予在计算应纳税所得额时扣除。企业缴纳的不符合上述审批管理权限设立的基金、收费，不得在计算应纳税所得额时扣除。很明显，该企业支付给地方某职能部门的10万元“集资建学费”，依据是县政府的文件，不属于上述审批权限规定的范畴，而属于“乱收费”项目，所以不能在企业所得税税前扣除。需要注意的是，事业单位因提供服务收取的经营服务性收费，不属于行政事业性收费，不受此项审批权限约束，可以在税前扣除。
最后，经批准的专项资金可视为不征税收入。财税[2009]87号要求，对企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途，并经国务院批准的财政性资金，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中扣除。据此，该企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途，并经国务院批准的160万元财政性资金应作为不征税收入，在计算应纳税所得额时可以从收入总额中扣除，这项规定是针对政府委托企业代办某些公益事业的款项，有专门的用途。
应当注意以下几点：其一，这类收入必须是国务院财政、税务主管部门规定专项用途，不能混作他用；其二，批准级别是国务院，地方政府委托代行职能的专项资金不得作为不征税收入，而应视为应税收入；其三，在作不征税收入处理的同时，企业的不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除。企业的不征税收入用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
