清算所得不适用任何企业所得税优惠政策。
《企业所得税法》第25条规定，国家对重点扶持和鼓励发展的产业项目，给予企业所得税优惠。而企业清算期间，正常的生产经营都已经停止，企业取得的所得已经不是正常的产业经营所得，企业所得税优惠政策的适用对象已经不存在，因而企业清算期间所得税优惠政策应一律停止，企业应就其清算所得依照税法规定的25%的法定税率缴纳企业所得税。
比如，一个位于西部大开发税收优惠区的企业，在2010年年底以前正常经营期间享受的是15%的定期低税率优惠，但是这样的企业如果在西部大开发优惠期间注销，其清算所得必须适用25%的企业所得税法定税率。同理，一个正常经营期间享受20%优惠税率的小型微利企业，在清算完税时却需要依照25%的税率缴纳企业所得税。
实际工作中需要厘清的是，清算所得是否可以用于弥补清算前正常生产经营期间符合税法规定的亏损。由于弥补亏损并不属于税收优惠，并不能套用清算所得不适用所得税优惠政策的理由来禁止补亏。事实上，《企业所得税法》规定，企业在纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。只要不超过5年，清算所得就可以作为“以后年度的所得”参与补亏。也可以这样理解，企业清算所得可以看 作是尚未课税的隐性资产增值，如果企业在进入清算期间之前将有关资产出售，那么在总体所得不变的情况下，清算所得就会被提前转变为正常生产经营所得，因此清算所得应该和正常生产经营所得一样可以用于补亏。
剩余财产：股东也有涉税处理
被清算的企业不能适用税收优惠，但是继续存在的股东依然可以享受法定优惠。
财税[2009]60号文件规定，企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定可以向所有者分配剩余资产。这里的所有者可能是自然人，也可能是法人。
假如这里只考虑居民法人股东，这些股东从企业分回的剩余财产，其所得税处理方式在世界各国并不完全一样。有的国家是将这些分回的剩余财产全部作为股息来处理；有的国家则将其全部作为资本利得（财产转让所得）来处理。
我国则将其中的一部分作为股息，一部分作为资本利得。财税[2009]60号文件指出，清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。在这个规定中，股东分配剩余财产中确认为股息所得的部分，符合条件的可以作为免税收入看待。
也就是说被清算的企业不能适用税收优惠，但是继续存在的股东依然可以享受法定优惠。
