过去，认定企业所得税纳税义务人的标准为是否实行独立经济核算，因此作为单独纳税的分支机构不会因为总机构撤消而影响核算缴纳税款。新的总分机构预缴政策是以总机构为主体核算税款。如果总机构撤消，分支机构就无法缴纳税款。笔者建议，在这种情况下，由分支机构单独核算缴纳税款。
二、政策具体执行中的问题
1．核定征收问题。
实际中有这样一种情况，即企业总机构和分支机构都实行核定征收，但是新的总分机构预缴政策没有涉及这个问题。
因此，会出现下述情况：一是如果总机构为核定征收企业，就不能保证其准确对分支机构进行纳税分配核算。笔者建议在这种情况下，税务机关应对总机构实行查账征收。二是在总机构为查账征收企业，下属分支机构为核定征收企业的情况下，原来分支机构单独核算、单独纳税，现在按总分机构预缴政策规定，分支机构的应纳税额应由总机构核算分配。为此，主管税务机关应该不再对所属分支机构实行核定征收。
2．分支机构较多的问题。
例如，某总机构下属分支机构众多，且有少数跨省分支机构。按新的总分机构预缴政策，每个分支机构都要实行就地预缴，企业核算工作量相当大。并且，同一个区域的多个门店都要单独缴纳税款，对企业来说手续繁琐、耽误时间。对此，笔者建议允许企业按照一定的区划，合并二级分支机构，核算缴纳税款。
3．非正常户问题。
在实际中，无论总机构还是分支机构，都存在大量非正常户。这些非正常户影响了税收管理工作的顺利开展。其中跨省市的总分机构，在管理上难度更大。笔者建议国家税务总局建立全国总分机构信息平台，以便于各地税务机关查找、沟通信息，加强对总分机构的管理。
4．对分支机构的管理问题。
由于总分机构预缴政策的核心是总机构核算分配税款，因此，分支机构主管税务机关的任务主要是核实分支机构是否按照总机构提供的分配比例缴纳税款，管理工作比较简单。而总机构主管税务机关要对跨省市分支机构进行管理，工作难度非常大，成本非常高。可见，总分机构预缴政策只是解决了跨地区间的收入分配问题，没有解决税收管理问题。笔者建议，明确分支机构主管税务机关的管理职权，提高分支机构主管税务机关的管理地位，配合总机构税务机关共同做好对总分机构的管理工作。
三、落实总分机构预缴政策中的其他问题
申报表设计问题和申报问题。在企业所得税汇总纳税分支机构分配表中，需要填写的总机构经营收入总额、工资总额和资产总额三项内容，对于分支机构所得税收入分配没有实际意义和参考意义，而且会混淆纳税人对分配的理解。笔者建议，应把这三项内容改为年应纳税所得额、从业人员、资产总额等项目。
总之，总分机构预缴政策提出的通过税收征管解决地区间税源转移问题的方法，对于调节地区间税收收入分配有积极的意义。但是针对上述问题，目前尚需制定一系列配套征管措施，并加强地区间税收管理的协作，才能将总分机构预缴政策落到实处。
