按照旧法，不具有法人资格的营业机构，如果符合实行独立经济核算条件的，在分支机构所在地缴纳所得税。而实行新《企业所得税法》后，上述机构则要到总机构所在地汇总纳税。这就影响了分支机构所在地的税收收入。为解决地区间税源转移问题，财政部、国家税务总局、中国人民银行出台了《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》，国家税务总局出台了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》。但是笔者认为，实践中还有许多细节问题尚未完全解决。
一、适用政策的纳税人的认定问题
1．总机构小型微利企业的确认问题。
《企业所得税法实施条例》在解释什么是小型微利企业时，只笼统地将小型微利企业划分为工业企业和其他企业。实际上，一个企业存在多种经营形式，既包括工业又包括商业、服务业。那么这样的企业算工业企业，还是其他企业？条例没有规定如何区别。笔者建议，应依据收入划分，如果该企业工业收入占总收入50%以上或占各行业首位，则确认该企业为工业企业，否则按其他企业确认。
如何保证小型微利企业确认的连续性也存在问题。如：某企业2007年为小型微利企业，2008年是否为小型微利企业？只有2008年所得税汇算清缴完成后，即2009年6月才能确认，而这时已经过了2009年第一季度的预缴期。对于这个问题该如何解决需要具体考虑。
如果总机构被认定为小型微利企业，其所属分支机构就不执行就地预缴政策。分支机构的主管税务机关需要总机构的主管税务机关出具总机构为小型微利企业的确认文书，以此作为分支机构不就地预缴的凭据。这种情况较多，为便于规范管理，笔者建议国家税务总局统一制定标准文书。
2．事业单位适用政策问题。
例如，某行业协会是总机构，是事业单位，无应税收入，下属分会是分支机构，也是事业单位，有应税收入。原来分支机构单独核算、单独纳税，现在根据总分机构预缴政策，总机构需要汇总核算，但其对分支机构没有财务上的管理权。事业单位作为所得税的一种特殊纳税人，与一般企业存在较大差异。笔者认为，对上述无实际财务管理关系的事业单位总分机构，应不视为总分机构，让每个事业单位都作为独立法人核算缴纳税款。
3．加盟店问题。
作为总机构下属分支机构的加盟店，原来都是单独核算、单独纳税。在这种加盟关系的总分机构中，分支机构使用总公司的品牌，交纳管理费，实际是独立经营、自负盈亏，与总公司经营无关。实行新的总分机构预缴政策后，总机构需要汇总核算，但其对分支机构加盟店没有财务上的管理权，不能统一负责核算分支机构的税款。分支机构也不愿意总机构统一核算税款。对于这种情况，笔者认为，总机构的主管税务机关应出具分支机构未在总机构核算纳税证明。分支机构的主管税务机关将分支机构作为独立法人进行管理。
