第一是要注意清算的时限。我们可以这样理解：清算之前都是预缴；达到清算时限条件时则不再预缴，必须按规定进行清算，多退少补。
土地增值税清算分为两种情况：一是纳税人应该主动进行清算；二是由税务机关要求纳税人清算。对于前者是纳税人的法定义务，不清算则要受到处罚。而对于后者，税务机关不要求纳税人清算的，则可以不必主动进行清算。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定：（一）符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；3.直接转让土地使用权的。（二）符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；4.省税务机关规定的其他情况。
第二是要划分清算单位。以什么单位作为清算单位也是土地增值税清算需要把握的关键。因为对一个开发项目中划分不同的清算单位，会产生不同的清算结果。《土地增值税暂行条例实施细则》第八条规定：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。但是纳税人在最基本核算项目或核算对象中，有些开发产品是免税的（如增值率不超过20%的普通标准住宅），有些是应税的，因此，税法要求，对于这种情况还要细分清算项目。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）就清算单位问题规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。对于一个核算项目或核算单位中，纳税人不分开计算增值额的，则免税开发产品不能享受免税政策。
第三是要掌握扣除项目分摊依据。房地产开发项目的扣除项目虽然是按开发项目的实际成本归集计算的，但有些扣除项目（如基础设施费、配套设施费等）不是直接属于某一个项目的，需要由多个清算项目共同享用的，这就需要将这些需要共同分担的成本费用通过合理的方法归入每个清算项目。土地增值税不同清算项目共同的成本费用分摊主要不是按项目建筑面积，也不是按项目实际占用面积，而是按可售面积分摊。国税发〔2006〕187号规定，属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。
第四是利息计算有特别规定。首先，开发项目的利息支出与企业所得税计算不同，它不能够资本化处理，即不能计入开发成本，更不能作为加计扣除基数。企业在会计上已经将开发成本完工前的利息实行资本化处理的，在计算土地增值税时需要调整出来单独计算。其次，单独计算清算项目的利息支出时，有两种方法。《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用（即管理费用和销售费用），按土地价款和开发成本计算的金额之和的5%以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按土地价款和开发成本计算的金额之和的10%以内计算扣除。
第五是只要是开发房地产的纳税人，就可以享受加计20%扣除。《土地增值税暂行条例实施细则》第七条就增值税扣除项目规定，根据条例第六条（五）项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和，加计20%的扣除。根据条例第六条（五）项规定是指“财政部规定的其他扣除项目”，而（一）、（二）项则是指“取得土地使用权所支付的金额”和“开发土地和新建房及配套设施的成本”。对于这条规定，有的人认为只有具备房地产开发资质的企业开发的房地产项目，才可以享受加计20%扣除，而其他企业开发房地产项目的，由于不具备开发资质，所以不能享受。其实，上述税法规定中并未强调“资质”条件，也就是说，无论是否具有房地产开发资质，只要是开发了房地产项目的企业，均可以实行扣除项目加计扣除。
