（二）设置合理的组织结构并有效运作
在组织机构的建立中应特别引起注意的是，不能使某一部门拥有过分集中的权力，应当使权力适当分散，形成互相联系、互相制约的格局。职能不相容的部门应分立，如企业采购部门、仓库部门、财务部门、生产部门共同对采购业务分环节把关，比由采购部门独立办理业务发生差错的可能性小得多。因此，组织机构控制机制中的执行系统与监督系统、决策系统与实施系统等必须实行分离，使之各尽其职，各负其责，形成合理的组织结构。
（三）建立内部审计控制机构
内部审计既是内部控制系统中的一个重要分支，又是实现内部控制目标的重要手段，内审制度的完善是健全内部控制制度的重要内容；同时，内部审计还能为改进内部控制提供建设性的建议。为此，要合理定位内审机构，按照《会计法》、《公司法》和《内部会计控制规范—基本规范(试行)》的要求，在股东大会、董事会和总经理之下分别设立监事会、审计委员会和审计部，审计部的地位应高于其他职能部门，在业务上对审计委员会负责并向其报告工作，在行政上对总经理负责并向其报告工作。
（四）业务流程上做好关键环节的控制
根据《内部会计控制规范—基本规范（试行）》和注册会计师在业务层面的审核要点，笔者认为，民营企业应在以下业务循环中做好关键环节的控制。
1、货币资金流程。明确出纳岗位的职责；按法律规定管理现金和银行存款，明确银行账户的开立、审批、核对、清理，定期进行现金盘点和银行对账单的核对；完整记录与货币资金有关票据购买、保管、使用、销毁等，有效管理银行预留印鉴和印章。
2、采购与支出流程。明确采购权责分配和职责分工，并履行明确的审批程序；明确规定供应商的选择、采购方式的确定、采购合同的签订、购进商品的验收程序；明确付款方式、程序、审批权限和与客户的对账办法；妥善保管供应商的文档等。
3、固定资产流程。明确区别固定资产实物管理和账务管理的职能，并合理配备人员；制定固定资产取得、验收、使用、维护、处置和转移等环节的控制流程，并明确规定固定资产的验收使用、维护保养、内部调剂、报废处置；根据国家统一会计制度的规定进行固定资产成本核算、计提折旧和减值准备等；妥善保管固定资产登记簿。
4、收入流程。制定合适的销售政策和信用管理办法；明确销售合同的签订、审批程序和发货程序、销售与发货控制流程；根据企业实际情况和国家统一的会计制度确定销售收入的确认条件、销售成本的结转方法、应收账款的催收管理、往来款项的定期核对等。
5、成本费用流程。根据企业的实际情况制定适合的成本费用定额、成本计划，明确成本费用的审批程序；明确规定成本费用核算、内部价格的制订和结算办法及有关成本费用考核等。
